大腸がんの内視鏡生検検体を用いた腸内細菌機能の定量化による発がんへの関与の解明

使用结直肠癌内窥镜活检标本量化肠道细菌功能，阐明参与致癌作用

• 批准号: 19K08416
• 负责人: 水谷 紗弥佳
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Tokyo Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2019
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2019-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19K08416/
• 关键词: 大腸がん; 内視鏡生検; 腸内細菌; メタゲノム; メタトランスクリプトーム

本研究代表者らはこれまで、国立がん研究センターとの共同研究で、大腸がん患者から収集した便検体を元に大規模にメタゲノム解析を行なってきた。しかしながら、便検体を用いたマルチオミクス解析は、大腸全体の腸内細菌叢を俯瞰的に解析するには有用であるが、大腸腫瘍に局在する細菌を検出することはできない。そこで本研究では、大腸腫瘍や、その前がん病変であるポリープに局在する細菌やその遺伝子機能を網羅的に明らかにすることを目的として、大腸内視鏡生検検体を用いたメタゲノム・メタトランスクリプトーム解析などのオミクス解析の方法論確立のためのパイロット研究を行う。便検体を用いたオミクス解析はDNA・RNAの抽出方法やデータ解析のプロトコルが確立されつつある。しかしながら、その他の臨床検体（組織、血液、唾液、皮膚など）には、ヒト由来の物質が大量に含まれるため、細菌由来のDNA・RNAの取得が困難であり、細菌由来のDNAやRNAを大量に必要とするショットガンメタゲノム解析やメタトランスクリプトーム解析の標準方法は確立されていない。そこで本研究では、大腸生検検体を用いた腸内細菌由来DNA・RNA抽出プロトコルの構築を行なった。

The representative of this study is to conduct joint research on large and medium-sized patients. The bacteria in the large intestine can be detected by the analysis of the whole intestinal flora. The purpose of this study is to investigate the development of a methodology for the analysis of colorectal cancer and its related diseases. DNA and RNA extraction methods are used to analyze DNA and RNA. Standard methods for the analysis of other clinical specimens (tissues, blood, saliva, skin, etc.) have been established for the determination of large amounts of bacteria-derived DNA and RNA, and for the determination of large amounts of bacteria-derived DNA and RNA. In this study, DNA and RNA extraction from intestinal bacteria were used to construct large intestine organisms.

项目成果

Surgical Treatment for Colorectal Cancer Partially Restores Gut Microbiome and Metabolome Traits.

• DOI: 10.1128/msystems.00018-22
• 发表时间: 2022-04-26
• 期刊: mSystems
• 影响因子: 6.4

モダンメディア

现代媒体

• 发表时间: 2022
• 作者: 柳下晴也;岡本和樹 ;郷康広;池谷裕二;佐々木拓哉;俵口 奈穂美
• 通讯作者: 俵口 奈穂美

Recent advances of machine learning applications in human gut microbiota study: from observational analysis toward?causal inference and clinical intervention

机器学习在人类肠道微生物群研究中应用的最新进展：从观察分析到因果推理和临床干预

• DOI: 10.1016/j.copbio.2022.102884
• 发表时间: 2023
• 期刊: Current Opinion in Biotechnology
• 影响因子: 7.7
• 作者: Salim Felix;Mizutani Sayaka;Zolfo Moreno;Yamada Takuji
• 通讯作者: Yamada Takuji

糞便メタゲノムおよびメタボローム解析を用いた大腸がんの多段階発がんに伴う腸内細菌の変化

使用粪便宏基因组和代谢组学分析与结直肠癌多步致癌相关的肠道细菌变化

• 发表时间: 2019
• 作者: Yachida Shinichi;Mizutani Sayaka;Shiroma Hirotsugu;Shiba Satoshi;Nakajima Takeshi;Sakamoto Taku;Saito Yutaka;Fukuda Shinji;Shibata Tatsuhiro;Yamada Takuji;水谷紗弥佳;水谷紗弥佳;水谷紗弥佳
• 通讯作者: 水谷紗弥佳

Metagenomic and metabolomic analyses reveal distinct stage-specific phenotypes of the gut microbiota in colorectal cancer

• DOI: 10.1038/s41591-019-0458-7
• 发表时间: 2019-06-01
• 期刊: NATURE MEDICINE
• 影响因子: 82.9
• 作者: Yachida, Shinichi;Mizutani, Sayaka;Yamada, Takuji
• 通讯作者: Yamada, Takuji