大腸がんの内視鏡生検検体を用いた腸内細菌機能の定量化による発がんへの関与の解明

本研究代表者らはこれまで、国立がん研究センターとの共同研究で、大腸がん患者から収集した便検体を元に大規模にメタゲノム解析を行なってきた。しかしながら、便検体を用いたマルチオミクス解析は、大腸全体の腸内細菌叢を俯瞰的に解析するには有用であるが、大腸腫瘍に局在する細菌を検出することはできない。そこで本研究では、大腸腫瘍や、その前がん病変であるポリープに局在する細菌やその遺伝子機能を網羅的に明らかにすることを目的として、大腸内視鏡生検検体を用いたメタゲノム・メタトランスクリプトーム解析などのオミクス解析の方法論確立のためのパイロット研究を行う。便検体を用いたオミクス解析はDNA・RNAの抽出方法やデータ解析のプロトコルが確立されつつある。しかしながら、その他の臨床検体（組織、血液、唾液、皮膚など）には、ヒト由来の物質が大量に含まれるため、細菌由来のDNA・RNAの取得が困難であり、細菌由来のDNAやRNAを大量に必要とするショットガンメタゲノム解析やメタトランスクリプトーム解析の標準方法は確立されていない。そこで本研究では、大腸生検検体を用いた腸内細菌由来DNA・RNA抽出プロトコルの構築を行なった。

本研究代表者らはこれまで、国立がん研究センターとの共同研究で、大腸がん患者から収集した便検体を元に大規模にメタゲノム解析を行なってきた。しかしながら、便検体を用いたマルチオミクス解析は、大腸全体の腸内細菌叢を俯瞰的に解析するには有用であるが、大腸腫瘍に局在する細菌を検出することはできない。そこで本研究では、大腸腫瘍や、その前がん病変であるポリープに局在する細菌やその遺伝子機能を網羅的に明らかにすることを目的として、大腸内視鏡生検検体を用いたメタゲノム・メタトランスクリプトーム解析などのオミクス解析の方法論確立のためのパイロット研究を行う。便検体を用いたオミクス解析はDNA・RNAの抽出方法やデータ解析のプロトコルが確立されつつある。しかしながら、その他の臨床検体（組織、血液、唾液、皮膚など）には、ヒト由来の物質が大量に含まれるため、細菌由来のDNA・RNAの取得が困難であり、細菌由来のDNAやRNAを大量に必要とするショットガンメタゲノム解析やメタトランスクリプトーム解析の標準方法は確立されていない。そこで本研究では、大腸生検検体を用いた腸内細菌由来DNA・RNA抽出プロトコルの構築を行なった。