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NASH肝癌発生過程を血液と肝臓プロテオームから解き明かす～ブタからヒトへ～

从血液和肝脏蛋白质组阐明NASH肝癌的发展过程 - 从猪到人 -

基本信息

批准号：
19K09144
负责人：
井口公太
金额：
$ 2.83万
依托单位：
The Tazuke Kofukai
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2019
资助国家：
日本
起止时间：
2019-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

ブタ正常肝臓とNAFLD肝癌肝臓の連続切片（厚さ10μm）をそれぞれ一枚ずつ準備し、一枚は質量分析イメージング（rapifleX；Bruker社）、もう一枚はLC-MS/MS（timsTOF pro; Bruker社）によるショットガン解析に供した。LC-MS/MSの測定データをProteinScape（Bruker社）にて解析することにより、正常肝臓切片から222個、NAFLD肝癌肝臓切片から194個のPeptideあるいはProtein IDを得た。そのうち、癌特異的PeptideあるいはProteinは74個であった。一方、質量分析イメージングにより得られたMS numberと先のショットガンデータをmergeすることにより、癌部に視覚的にも高発現する10個のProteinを抽出した。しかし、本手法はMS numberの小数点以下の確からしさに課題があり、実際MS numberの整数部が一致しているPeptide/Proteinが複数ある場合には、いずれが求めるMS imagingの分布を示す正しいPeptide/Proteinなのか、他の手法でvalidationを要する。今年度、我々は新たにPEAKS Q software（インフォコム社）を使用し、Label-freeの定量解析を追加した。本解析により、先に同定した10個の癌部高発現Peptide/Proteinのうち、以下の7個のvalidationが得られた。①Glutamate dehydorogenase 1,②Vimentin,③Serum albumin, ④Myosin-9, ⑤Complement C3, ⑥Malate dehydrogenase, ⑦60S ribosomal protein L29。

A liver biopsy section (thickness: 10μm) of normal liver and NAFLD liver cancer was prepared by a single sample preparation, a single sample quality analysis (rapifleX;Bruker), and a single LC-MS/MS (timesTOF pro; Bruker). ProteinScape (Bruker) was analyzed by LC-MS/MS, 222 normal liver sections and 194 NAFLD liver sections were obtained.そのうち、癌特异的PeptideあるいはProteinは74个であった。A mass analysis of the Protein extracted from the MS number and the protein extracted from the protein. This method is based on the determination of the MS number below the decimal point. In fact, the integer part of the MS number is consistent. Peptide/Protein is plural. In addition, the distribution of MS imaging is shown. Peptide/Protein is correct. The validation of other methods is necessary. This year, we have added new PEAKS software, Label-free and quantitative analysis. In this analysis, 10 peptides/proteins were identified in the same way, and the following 7 validations were identified.①Glutamate dehydorogenase 1,②Vimentin,③Serum albumin, ④Myosin-9, ⑤Complement C3, ⑥Malate dehydrogenase, ⑦60S ribosomal protein L29。