蛋白質-蛋白質間相互作用面の二次構造に基づいた分類とデータベース公開

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当該年度は、まず、第１階層であるインターフェイスクラスの分類条件の微調整を行なった。ランダム抽出した分類結果を確認し、意図しない分類になっていないか確認を行なった。当初は相互作用面の二次構造割合により、クラスを分けるようにしていたが、境界付近の複合体が多く存在し、類似しているにも関わらず異なるクラスに分けられるケースが多く観察された。そこで、割合は使用せず、含んでいるか否かというシンプルな基準のみで分けるようにすることで、境界付近の複合体を減らした。また、分子間βシートを形成しているものについては、新しいクラスとして扱うように修正を行なった。第２階層である、インターフェイスタイプのクラスタリング結果についても確認作業を行なった。クラスタリングに含める二次構造情報を調整し、確認作業をするという過程を何度か繰り返した。当初は、クラスタリングには、どのクラスの場合も同じ二次構造情報を用いていたが、クラスごとに二次構造情報の調整を行なった。ここまでは、ホモ二量体についての解析であったが、ヘテロ二量体についてもPDBエントリーのリストを作成し、同じプログラムで解析を行い問題点を調査した。その結果、それほど大きな修正点がないことが明らかとなったので、ヘテロ二量体についてもデータベースに情報を追加した。OLIGAMIホームページにもヘテロ二量体に関しては情報を追加できるように修正を行なった。