Computational modeling and analysis of glycosyl hyrolases : reaction mechanism and catalytic design

糖基水解酶的计算模型和分析：反应机制和催化设计

• 批准号: 18K05052
• 负责人: Toyokazu ISHIDA
• 金额: $ 2.5万
• 依托单位: National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2018
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2018-04-01 至 2022-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18K05052/
• 关键词: 理論計算化学; QM/MM計算; 分子動力学計算; 自由エネルギー計算; 酵素反応機構; バイオマス分解酵素; Glycoside hydrolase (GH); キシラナーゼ（Xylanase）; キシラナーゼ (Xylanase); 基底状態不安定化; 基質歪み; Glycoside hydrolase(GH); グリコシル化反応; 基質不安定化; 電子状態計算; 複合シミュレーション; 反応遷移状態/中間体; 酵素機能改変

项目成果

Insight into the Catalytic Mechanism of GH11 Xylanase: Computational Analysis of Substrate Distortion Based on a Neutron Structure

• DOI: 10.1021/jacs.0c02148
• 发表时间: 2020-10-21
• 期刊: JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY
• 影响因子: 15
• 作者: Ishida, Toyokazu;Parks, Jerry M.;Smith, Jeremy C.
• 通讯作者: Smith, Jeremy C.

バイオマス分解酵素（Xylanase）の反応機構

生物质降解酶（木聚糖酶）的反应机理

• 发表时间: 2021
• 作者: Toyokazu Ishida;Jerry M. Parks;Jeremy C. Smith
• 通讯作者: Jeremy C. Smith

Computational analysis of carbohydrate recognition based on hybrid QM/MM approach（複合分子モデリング技術による糖鎖認識機構の解析）

基于混合 QM/MM 方法的碳水化合物识别计算分析

• 发表时间: 2019
• 作者: T. Takamuku;T. Tokuda;T. Uchida;K. Sonoda;B. A. Marekha;A. Idrissi;O. Takahashi;Y. Horikawa;J. Matsumura;T. Tokushima;H. Sakurai;M. Kawano;K. Sadakane;H Iwase;石田 豊和
• 通讯作者: 石田 豊和

Oak Ridge National Laboratory (ORNL)(米国)

橡树岭国家实验室 (ORNL)（美国）

Computational analysis of carbohydrate recognition mechanism in proteins （計算科学によるタンパク質の糖鎖認識機構の解析）

蛋白质中碳水化合物识别机制的计算分析

• 发表时间: 2019
• 作者: 藤本 智士; 末続 文正; 藤島 将伸; 向井 剛輝;石田 豊和
• 通讯作者: 石田 豊和