血中遊離RNAと分子バーコード技術を用いた高感度・高精度融合遺伝子検出法の確立

利用血液游离RNA和分子条形码技术建立高灵敏、准确的融合基因检测方法

• 批准号: 18K08177
• 负责人: 高井 英里奈
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2018
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2018-04-01 至 2020-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18K08177/
• 关键词: Liquid biopsy; RNAseq; 融合遺伝子

腫瘍組織FFPE検体由来DNAを用いたがんのクリニカルシーケンスが実際に臨床で行われるようになってきている。その中で、シーケンス検査に適した質の良い組織検体を得ることの困難さや、治療標的として重要である融合遺伝子の検出効率の低さはしばしば問題となっている。本研究では、低侵襲に得られる血液中に含まれると考えられる血中遊離RNAを用い、融合遺伝子検出などの新たなLiquid biopsy検査の開発を目指して検討を行ってきた。2019年度は、血中遊離RNAの網羅的なシーケンス解析を中心に検討を行なった。28例の肺がん患者由来の血漿から、cell debrisを除去した上で、exosomeやmicrovesicle内のRNAと遊離RNAの両方を抽出できる方法を用いてRNAを抽出した。組織由来RNAを対象とした従来のRNAseqライブラリ作製のプロトコルを改良して、血漿由来RNAを用いてライブラリを作製し、Illumina HiSeqを用いてシーケンスを実施した。得られたシーケンスデータを用いて発現解析を行なった。発現量の差の大きい遺伝子群を用いてクラスタリングを行なったところ、病態や治療に特徴的な遺伝子発現変化が示唆された。現在、がんのLiquid biopsy研究の中心は血中遊離DNA (cell-free DNA; cfDNA) の解析であり、臨床応用に向けた取り組みも進んでいる。cfDNAから解析可能なものはがんの遺伝子変異であるが、血中遊離RNAの解析によってがん細胞および微小環境の遺伝子発現の変化を非侵襲的に解析することができる可能性があり、新たなLiquid biopsyの手法として有用であると考えている。

The FFPE of tumor tissue is derived from DNA and used in clinical practice. In addition, it is necessary to investigate the quality and quality of the tissue model, the difficulty of obtaining the target, the importance of the target, the low detection rate of fusion gene, and the problem of the target. This study aims to investigate the use of free RNA in blood, fusion gene detection, and development of new Liquid biopsy assays. In 2019, the Center for Analysis of Free RNA in Blood was launched. In 28 cases of lung cancer, the plasma, cell debris, exosomes and RNA in microvesicles were removed. Tissue-derived RNA is used to control the expression of RNA, and Illumina HiSeq is used to control the expression of RNA The first step is to analyze the situation. A large number of differential gene expression groups are used to detect the gene expression characteristics of pathologies. Now, the Center for Liquid Biopsy Research is working on the analysis of cell-free DNA (cfDNA) in blood and clinical applications. cfDNA analysis is possible and useful in the analysis of free RNA in blood, in the analysis of cellular DNA and in the analysis of non-invasive DNA in microenvironments.