非直鎖状ゲノム解析ツールの開発

非线性基因组分析工具的开发

• 批准号: 16K14639
• 负责人: 柴田 朋子
• 金额: $ 2.41万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2016
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2016-04-01 至 2018-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16K14639/
• 关键词: 環状ゲノム; ゲノムブラウザ; ゲノム構造多様性

シークエンス技術の近年の発展により、非モデル生物のゲノムの解読が容易になった。シークエンス配列のアセンブリによって得られるゲノム配列は直鎖状のものばかりではなく、細菌やオルガネラのように環状のものもある。また、純系ではない倍数体の生物のゲノムは多型を含むため、一本の直線としては扱えず、共通の部分は一本だが多型を含む領域では分岐したバブルを含むグラフ構造として扱うのが適切と考えられる。従来の解析ツールは、こうしたゲノムも、一本の直鎖配列に変換して扱っていたが、変換作業が煩雑であるほか、変換によって情報の欠失が起こる可能性もあった。そこで、こうした非直鎖状のゲノム配列を直鎖状に変換することなく可視化するととともに、容易に扱う事のできる解析ツールを開発することが本研究の目的であった。まず、細菌やウイルスなどの環状ゲノムを可視化できるブラウザの開発、さらに環状配列に対する解析ツールの開発を行い、その後、バブルを含むグラフ構造ゲノムについて同様のツールセットを開発することを計画していた。平成28年度には、既存のゲノムブラウザの調査を行うとともに、環状ゲノムブラウザの構築を開始した。平成29年度には、引き続き環状ゲノムブラウザの構築を行ったが、細部の調整に時間がかかり、年度内の完成・公表には至らなかった。平成29年度末、研究代表者の退職に伴う研費応募資格喪失により、科研費による本研究課題遂行を終了した。

In recent years, there has been an exhibition of technology in recent years, and it is easy to understand that it is easy to solve the problem of non-biological science. In this way, we can get a straight line of equipment, such as the number of bacteria, the environment, the environment and the environment. The multiplicators of the system, the multiplicators, the multiplicity, the multiplication, the multiplicity, the multiplicity, the multiplication, the multiplication, To analyze the information, to analyze the information, to make sure that there is a direct distribution of the information, the operation, the information, and the possibility that the information is not available. Straight-line and non-straight-line devices are arranged in straight-line devices, so that they can be easily analyzed and analyzed. The purpose of this study is to improve the accuracy of the study. The management of the environment can be carried out in the first place, and the distribution of the environment in the environment will be open, and the distribution of the environment will be open in the first place. After the weather, please do not know if you are going to start a business, and after that, you will be able to do so. In Pingcheng, the year 28, the existing financial situation and the environmental situation began. In the 29th year of Pingcheng, it will be completed in the year 29 that the public table will be completed and completed within the year. At the end of Pingcheng at the end of the year, the research representatives refunded the research fund-raising program, and the research project of the research project was completed.