反応経路解析を応用した超解像イメージングプローブ開発法の確立
反応経路解析を応用した超解像イメージングプローブ開発法の確立
批准号:
17J10083
负责人:
橘 椋
金额:
$1.79万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份:
2017
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2017-04-26 至 2020-03-31
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英文摘要
本年度では、まず初めに昨年度で確立したHMR類の分子内環化反応速度の予測法の適用範囲を広げるべく、さらなる理論的考察を行った。昨年度までに考案していた方法では、スピロ環化反応を担う求核性官能基としてhydroxymethyl基を有するものしか計算を行うことはできなかった。そこで、この方法を元にaminoxymethyl基を有する誘導体群にも適用できるようにモデルの拡張を行い、正確な自由エネルギー計算を実現する溶媒効果の見積もり等の条件を最適化した。さらに昨年度に報告した黄色蛍光を有する新規超解像イメージングプローブについて合成及びタグタンパク質へのラベル化を用いた生細胞超解像イメージングに成功し、タンパク質への結合のさせ方の違い(タグリガンドの伸長方向・位置への依存性など)についても興味深い知見を得た。これらと並行して、量子化学計算プログラムであるGaussian09を効率的に運用するためのpythonプログラムを開発し、発展的な解析を行った。一つ目に、計算法における水和配置の蓋然性検証のため、色素周辺の溶媒水分子の作用をランダムモンテカルロ法により最大化するプログラムを開発し、これをもって昨年度までに開発してきた方法が計算方法の制約の下で最適な方法であることを示した。二つ目に、算出された自由エネルギーの導出過程を詳しく要素分解し、化合物の誘導体化によるスピロ環化特性への影響が大きい位置を判断するプログラムを開発した。これを用いて、これまで誘導体化の例が少なかった置換位置の効果を見積もり、実際に合成して一致を見ることによってこれまで知られてこなかった分子設計戦略の発見に繋げた。
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DOI:
10.1021/jacs.7b11014
发表时间:
2018-02-07
期刊:
JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY
影响因子:
15
作者:
[Kuriki, Yugo, Kamiya, Mako, Urano, Yasuteru]
通讯作者:
Urano, Yasuteru
Calculation of intramolecular Reaction of Hydroxymethyl Rhodamine Derivatives for Development of Fluorescent Probes Based on Computational Chemistry
基于计算化学的羟甲基罗丹明衍生物分子内反应计算用于荧光探针的开发
DOI:
--
发表时间:
2017
期刊:
影响因子:
--
作者:
[橘椋, 神谷真子, 鈴木聡, 諸熊奎治, 浦野泰照]
通讯作者:
浦野泰照
計算化学を駆使した蛍光プローブ及び酵素活性の理論的設計法の開発
使用计算化学开发荧光探针和酶活性的理论设计方法
DOI:
--
发表时间:
2019
期刊:
影响因子:
--
作者:
[橘椋, 神谷真子, 吉原利忠, 飛田成史, 浦野泰照]
通讯作者:
浦野泰照
量子化学計算を応用した超解像イメージングプローブの精密設計法の開発
利用量子化学计算开发超分辨率成像探针精密设计方法
DOI:
--
发表时间:
2019
期刊:
影响因子:
--
作者:
[○橘椋, 神谷真子, 鈴木聡, 諸熊奎治, 吉原利忠, 飛田成史, 浦野泰照]
通讯作者:
浦野泰照
量子化学計算を活用した非経験的分子設計法の開発
利用量子化学计算开发从头算分子设计方法
DOI:
--
发表时间:
2018
期刊:
影响因子:
--
作者:
[○橘椋, 神谷真子, 鈴木聡, 諸熊奎治, 浦野泰照]
通讯作者:
浦野泰照
共 8 条
発展的ガウス過程回帰分析に基づく大規模蛍光プローブライブラリーの創成と応用
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批准号:24K17799
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项目类别:Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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资助金额:$3.0万
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财政年份:2024
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负责人:橘 椋
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依托单位:
Development of prodrug-type anticancer drugs using a design of experiment system based on computational chemistry and Bayesian optimization
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批准号:23K19424
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项目类别:Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
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资助金额:$1.83万
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财政年份:2023
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负责人:橘 椋
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依托单位:
海外基金