ラマン顕微鏡を用いた大腸菌表現型・遺伝子型リンクの理解へ向けて

使用拉曼显微镜了解大肠杆菌表型/基因型联系

• 批准号: 22KJ0517
• 负责人: 吉田 祐貴
• 金额: $ 3.08万
• 依托单位: National Agriculture and Food Research Organization (2023)The University of Tokyo (2021-2022)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2023
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2023-03-08 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22KJ0517/
• 关键词: 大腸菌; ラマン; マイクロ流体デバイス; 組合せFISH; ラマン顕微鏡

本研究課題ではラマン顕微鏡に適合したマイクロ流体デバイス中で灌流培養、ライブセルラマン計測、そしてFISHによる遺伝子型同定を組合し、多様な遺伝型を持つ細胞集団での高速フェノタイピングを目標としている。令和４年度では、組合せFISH法の開発を進めた。まず、哺乳類細胞での先行研究で設計されたバーコード配列をアラビノース誘導性プロモーター（PBAD）の下に組み込み、大腸菌BW25113株に導入した。この株に対してFISH法を試みたが、外来バーコード配列に対する大腸菌FISHのプロトコルがなかったため、まずは既存のFISH法などを参考に条件検討を進めた。その結果、single molecule FISHプロトコルを一部改変したものが最適であることがわかったものの、先述の株に対して実施したところPBADプロモーターの発現量の低さに由来すると考えられる微弱なFISHシグナルしか検出できなかった。そこで、PBADプロモーターの代わりに恒常的に高発現するT7プロモーターを使用し、JM109 (DE3)株に導入して同様のテストを行った。この株では明確に遺伝子型同定に使えるレベルのFISHシグナルを得ることに成功した。しかし、３セットのバーコード組合せの分離を試したところ、いくつかのバーコード配列において明確なシグナルの喪失が観察され、バーコード配列の中でも不適合なものがあることを示唆された。今後はこれらを拡張し、本課題の目標である多数の株でのラマンPhenotypingおよびFISH Genotypingを目指す。

The purpose of this study is to study the effects of high-speed cell collection, and so on. In this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, in this study, we need to learn how to do this in the presence of high-speed, high-speed, Ling and the 4-year review and organization of the FISH law will start an advanced review. In the first step of the study of mammalian and mammalian cells, the equipment was designed to be used in the laboratory, and the strains of bacteria BW25113 were introduced into the laboratory under the control group (PBAD). The FISH method, the exotic method, the FISH method, the exotic method, the existing FISH method, the reference conditions, the conditions. The results show that the results of the single molecule FISH test show that there is no significant difference between the two groups. The results show that there is a significant difference in the results of the results, the results of the single molecule FISH test, the results of the results, the results, the results The constant height of the JM109 (DE3) plant, which is the same as that of the PBAD plant, is the same as that of the T7 plant. It is clear that the subtype of the strain is the same as that of the subtype, so that the FISH can be successful. In the system, there is a clear indication that there is a problem in the configuration of the system. In the future, most of the plants in this project will be affected by the Phenotyping. The FISH Genotyping will be targeted.

项目成果

High throughput genotype-phenotype linkage by Raman microscopy

通过拉曼显微镜进行高通量基因型-表型连锁

• 发表时间: 2021
• 作者: 吉田祐貴;大倉 玲子;亀井 健一郎;若本祐一
• 通讯作者: 若本祐一

ラマン顕微鏡と連続FISHを用いた大腸菌表現型・遺伝子型リンク解析へ向けて

使用拉曼显微镜和连续 FISH 进行大肠杆菌表型/基因型关联分析

• 发表时间: 2022
• 作者: 吉田祐貴;大倉 玲子;亀井 健一郎;若本祐一
• 通讯作者: 若本祐一