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Pilot studies for high throughput analysis of Arabidopsis GWAS

拟南芥 GWAS 高通量分析的试点研究

基本信息

批准号：
24657029
负责人：
YAMAMOTO Yoshiharu Y.
金额：
$ 2.58万
依托单位：
Gifu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
财政年份：
2012
资助国家：
日本
起止时间：
2012-04-01 至 2014-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

In this study, we tried GWAS mapping using Arabidopsis 80 accessions whose genome sequences have been published (Cao et al, 2011). DNA polymorphism data has been prepared from the genome sequences, and 1.5 M SNPs have been extracted. As for the phenotyping, environmental stress resistance has been measured using photoinhibition as a parameter of resistance. Association mapping was done using TASSEL (Bradbury et al, 2007) and STRUCTURE (Pritchard et al, 2000). Survey of the obtained GWAS signals revealed some differences from human GWAS signals in the peak height and distribution, and the differences are suggested to be due to different population structures between human and Arabidopsis. These differences are to be considered for modification of the human GWAS calculation methods to fit with Arabidopsis studies. As expected, false-positive GWAS signals were observed in our GWAS calculations, and they could be removed by deletion of minority SNP loci from the calculation.

在这项研究中，我们尝试使用基因组序列已公布的拟南芥80份材料进行GWAS定位(曹等人，2011)。从基因组序列中制备了DNA多态性数据，提取了1.5M个SNPs。在表型方面，用光抑制作为抗性的参数来测定其对环境胁迫的抗性。使用流苏(Bradbury等人，2007)和结构(Pritchard等人，2000)进行关联图谱绘制。对所获得的GWAS信号的研究发现，这些信号在峰高和分布上与人类的不同，这种差异可能是由于人类和拟南芥的种群结构不同所致。这些差异将被考虑到修改人类GWA计算方法，以适应拟南芥的研究。正如预期的那样，在我们的GWAS计算中观察到了假阳性的GWAS信号，并且可以通过从计算中删除少数SNP基因座来消除这些信号。

项目成果

期刊论文数量（46）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

JAZ-MYCモジュールを介したNO初期認識機構の解明

通过 JAZ-MYC 模块阐明 NO 的初始识别机制

DOI：
发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
0
作者：
三田村梨帆;野元美佳;森毅;時澤睦朋;山本義治;多田安臣
通讯作者：
多田安臣

合成プロモーターを利用した転写ネットワーク解析の試み

尝试使用合成启动子分析转录网络

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
0
作者：
吉岡洋平;百町満朗;時澤睦朋;小林佑理子;小山博之;井内聖;小林正智;趙成日;坂井優作;山本義治
通讯作者：
山本義治

In silico prediction of transcriptional regulatory elements for stomatal regulation in disease resistance induced by plant growth promoting fungi

植物促生长真菌诱导的抗病性中气孔调节的转录调控元件的计算机预测

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
0
作者：
Ayaka Hieno;Naznin Most. Hushna Ara;Yohei Yoshioka;Mitsuro Hyakumachi;Satoshi Iuchi;Masatomo Kobayashi;Nobutaka Mitsuda;Masaru Ohme-Takagi;Yoshiharu Y. Yamamoto
通讯作者：
Yoshiharu Y. Yamamoto

遺伝子重複型偽遺伝子の転写状態の維持におけるATG配列の役割

ATG 序列在维持基因复制假基因转录状态中的作用