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Evolutionary genomics of ultramicro inversions.

Evolutionary genomics of ultramicro inversions.
超微反转的进化基因组学。
批准号:
24657168
负责人:
IMANISHI Tadashi
金额:
$2.58万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
财政年份:
2012
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2012-04-01 至 2014-03-31

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
这项研究的目的是证明超微倒置是在许多生物基因组中观察到的普遍现象,并通过实验测量超微倒置的频率。首先,我们检查了真核生物、原核生物和古生菌的10个不同物种的基因组序列,并在所有10个物种中鉴定出超微倒置。这有力地表明,超微倒位是基因组重排的普遍现象。其次,为了估计超微倒置的频率,我们基于17个菌株和一个肿瘤小鼠基因组的比较预测了360个可能的超微倒置热点,并使用现代高通量测序仪对其中的150个热点进行了测序。这项分析仍在进行中,结果将在未来公布。
英文摘要
The purpose of this study is to demonstrate that ultramicro inversions is a universal phenomenon observed in the genomes of many organisms, and to measure experimentally the frequencies of ultramicro inversions. First, we examined genomic sequences of 10 different species of eukaryotes, prokaryotes, and archaea, and identified ultramicro inversions in all of the 10 species. This strongly indicates that ultramicro inversion is a universal phenomenon of genomic rearrangement. Secondly, in order to estimate the frequencies of ultramicro inversions, we predicted 360 possible hotspots of ultramicro inversions based on the comparison of 17 strains and a tumor mouse genomes in silico, and sequenced 150 hotspots out of 360 using quite a number of mouse sperms with modern high-throughput sequencers. This analysis is still in progress, and the results will be published in the future.
期刊论文(13)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
DOI: 10.1093/gbe/evs075
发表时间: 2012
期刊: Genome biology and evolution
影响因子: 3.3
作者: [Hara Y, Imanishi T, Satta Y]
通讯作者: Satta Y
近縁種間の全ゲノムアラインメント内に同定された多数の微小な逆位
在密切相关的物种之间的全基因组比对中发现了许多小的倒位
DOI: --
发表时间: 2012
期刊:
影响因子: --
作者: [原雄一郎, 今西規]
通讯作者: 今西規
[ミーティングレポート]内村 有邦、原雄一郎日本遺伝学会国際シンポジウム報告GSJコミュニケーションズ88-6:13
【会议报告】日本遗传学会Yukuni Uchimura、Yuichiro Hara国际研讨会报告 GSJ Communications 88-6:13
DOI: --
发表时间:
期刊:
影响因子: --
作者: []
通讯作者:
近縁種ゲノム比較によって明らかにされる超微小逆位
密切相关物种的基因组比较揭示超小倒置
DOI: --
发表时间: 2012
期刊:
影响因子: --
作者: [原雄一郎, 今西規]
通讯作者: 今西規
共 9 条
    Development of genome montage technology for predicting facial morphology
    • 批准号:
      16H01752
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
    • 资助金额:
      $22.55万
    • 财政年份:
      2016
    • 负责人:
      IMANISHI Tadashi
    • 依托单位:
    Hyperlink Management System for automated integration of biological databases by use of data IDs
    • 批准号:
      25280108
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • 资助金额:
      $11.81万
    • 财政年份:
      2013
    • 负责人:
      IMANISHI Tadashi
    • 依托单位:
    Exploration of functional non-coding sequences in the higher eukaryotic genomes.