Development of nevel genotyping method of Pseudomonas aeruginosa and clinical application

铜绿假单胞菌新基因分型方法的建立及临床应用

• 批准号: 24659285
• 负责人: IINUMA Yoshitsugu
• 金额: $ 2.5万
• 依托单位: Kanazawa Medical University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2012
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2012-04-01 至 2014-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-24659285/
• 关键词: 緑膿菌; 遺伝子タイピング; PCR-based ORF typing法; MLST; POT法

We developed a novel digital genotyping method of Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa PCR-based ORF typing method; POT typing method). According to the distribution of the ORF (Open reading frame) in the clinical isolates, 10 ORF originated from genomic islet and 5 ORF originated from genomic island to increase the discriminatory power were selected. Metallo-beta-lactamase (MBL) (IMP or VIM group) gene and P. aeruginosa marker gene were added for the typing, finally the primers were adapted for the 10 and 9-plex PCR. The PCR results were scored with a 1 or 0 according to the presence or absence of the amplicon of the selected genes in order of primer number, and the resulting binary code was transformed into decimal numbers, separating into two parts with 10 (genomic islet, POT1) and 9 (genomic island and MBL, POT2) figures. POT1 was shown to be related with Multilocus Sequence Typing (MLST) number, and the discriminatory power was equivalent to PFGE.

我们开发了一种新的铜绿假单胞菌数字化基因分型方法（P. aeruginosa PCR-based ORF typing method; POT typing method）。根据开放阅读框（ORF）在临床分离株中的分布情况，筛选出10个来源于基因组岛的ORF和5个来源于基因组岛的ORF，以提高区分能力。加入金属β-内酰胺酶（MBL）基因（IMP或Vim组）和铜绿假单胞菌标志基因进行分型，最后对引物进行10重和9重PCR。根据所选基因的扩增子的存在与否，按引物编号的顺序，用1或0对PCR结果进行评分，并将所得二进制代码转换为十进制数字，分为两部分，10（基因组岛，POT 1）和9（基因组岛和MBL，POT 2）数字。POT 1与多位点序列分型（MLST）数相关，其鉴别力与PFGE相当。

项目成果

PCR-based open reading frames typing法によるカルバペネム耐性緑膿菌の疫学的解析

基于PCR的开放阅读框分型法对碳青霉烯类耐药铜绿假单胞菌的流行病学分析

• 发表时间: 2012
• 作者: 馬場尚志;飯沼由嗣
• 通讯作者: 飯沼由嗣

Development of a PCR-based molecular epidemiology method for Pseudomonas aeruginosa

基于PCR的铜绿假单胞菌分子流行病学方法的开发

• 发表时间: 2014
• 作者: Suzuki M;Yamada K;Matsumoto M;Iinuma Y.
• 通讯作者: Iinuma Y.

膿菌のPCR-based ORF Typing(POT)法の開発と性能評価

基于 PCR 的铜绿假单胞菌 ORF 分型 (POT) 方法的开发和性能评估

• 发表时间: 2013
• 作者: 鈴木匡弘;山田和弘;細羽絵里子;長尾美紀;馬場尚志;飯沼由嗣
• 通讯作者: 飯沼由嗣

MLST解析との比較による緑膿菌用PCR-Base ORF Typing（POT）法の評価

与 MLST 分析比较对铜绿假单胞菌 PCR 基础 ORF 分型 (POT) 方法的评价

• 发表时间: 2013
• 作者: Shirato A;Kikugawa T;Miura N;Tanji N;Takemori N;Higashiyama S;Yokoyama M.;細羽恵理子
• 通讯作者: 細羽恵理子

Development of a PCR-based molecular epidemiologoy method for Pseudomonas aeruginosa

基于PCR的铜绿假单胞菌分子流行病学方法的开发

• 发表时间: 2014
• 作者: Suzuki M;Yamada K;Matsumoto M;Iinuma Y
• 通讯作者: Iinuma Y