Comprehensive identification of the Pet-1-target genes by chromatin immunoprecipitation assays in RN46A cells derived from the rat raphe nucleus.

通过染色质免疫沉淀测定对源自大鼠中缝核的 RN46A 细胞中 Pet-1 靶基因进行全面鉴定。

• 批准号: 24659548
• 负责人: MATSUI Hiroaki
• 金额: $ 2.41万
• 依托单位: St. Marianna University School of Medicine
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2012
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2012-04-01 至 2014-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-24659548/
• 关键词: セロトニン神経系; クロマチン免疫沈降法; ラット縫線核由来RN46A細胞; セロトニン神経細胞特異的転写因子Pet-1; Pet-1標的遺伝子; 神経特異的抑制因子; 転写因子; 遺伝子発現; クロマチン沈降法

To identify Pet-1 (serotonergic neuron-specific transcription factor)-binding sites in rat raphe nucleus-derived RN46A cells, chromatin-immunoprecipitation (ChIP) assays were performed. It was revealed that Pet-1 binding was inhibited through the neuron-restrictive silencer factor(NRSF)-NRSF binding element(NRSE) system or the potential repressor proteins independent of NRSF. Additionally, the detection of Pet-1 binding to target genes was occasionally difficult even under conditions where Pet-1 was overexpressed. Taken together, to exclude the function of repressor proteins including NRSF may be necessary to identify the Pet-1 binding to its target genes by ChIP assays in RN46A cells. To overcome these difficulties should be required to use RN46A cells as a proper model of central serotonergic neurons and characterize the Pet-1-mediated transcriptional network in serotonergic neurons.

为了鉴定大鼠中缝核衍生的RN 46 A细胞中的Pet-1（肾上腺素能神经元特异性转录因子）结合位点，进行染色质免疫沉淀（ChIP）测定。 研究表明，Pet-1的结合受到神经元限制性沉默因子（NRSF）-NRSF结合元件（NRSE）系统或不依赖于NRSF的潜在阻遏蛋白的抑制。 此外，即使在Pet-1过表达的条件下，检测Pet-1与靶基因的结合有时也很困难。 总之，排除包括NRSF在内的阻遏蛋白的功能对于通过RN 46 A细胞中的ChIP测定来鉴定Pet-1与其靶基因的结合可能是必要的。 为了克服这些困难，应该需要使用RN 46 A细胞作为中枢多巴胺能神经元的适当模型，并表征Pet-1介导的多巴胺能神经元的转录网络。

项目成果

ヒトセロトニン4受容体遺伝子発現調節機構 : ERG、EGRおよびNF1による調節

人血清素4受体基因表达调控机制：ERG、EGR和NF1的调控

• 发表时间: 2013
• 作者: Xiaoyong ZHANG;Noriyasu HOMMA;Yoshihiro TAKAI;Yuichiro NARITA;Makoto ABE;Norihiro SUGITA;and Makoto YOSHIZAWA;那和雪乃
• 通讯作者: 那和雪乃

Transcriptional regulation of the human tryptophan hydroxylase-2 gene by Lmx1b in RN46A cells

RN46A 细胞中 Lmx1b 对人色氨酸羟化酶 2 基因的转录调控

• 发表时间: 2012
• 作者: Kawada R;et al;Nawa Y
• 通讯作者: Nawa Y

Transcriptional regulation of the human serotonin type 4(5-ht4) receptor gene : identification and characterization of novel promoter and enhancer

人血清素 4 型（5-ht4）受体基因的转录调控：新型启动子和增强子的鉴定和表征

• 发表时间: 2013
• 作者: Kei Ichiji;Noriyasu Homma;Masao Sakai;Yoshihiro Takai;Yuichiro Marita;Makoto Abe;Norihiro Sugita;Makoto Yoshizawa;Nawa Y
• 通讯作者: Nawa Y

Transcriptional regulation of the human serotonin type 4(5-ht4) receptor gene:identification and characterization of novel promoter and enhancer

人血清素 4 型（5-ht4）受体基因的转录调控：新型启动子和增强子的鉴定和表征

• 发表时间: 2013
• 作者: Yukino Nawa;Masanori Ootaki;Rie Kuwabara;Tomoko Hiroi;Ryoya Takahashi;Hiroaki Matsui
• 通讯作者: Hiroaki Matsui

聖マリアンナ医科大学大学院脳情報制御医学分野

圣玛丽安娜大学医学院脑信息控制医学系