Nano-HPLC gekoppeltes ESl-Massenspektrometer zur Proteomanalyse

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Das beantragte nano-LC ESl-Massenspektrometer stellt eine Neuanschaffung dar. Das am Standort TU Kaiserslautern für die Peptidanalyse zur Verfügung stehende Gerät ist ausgelastet und genügt bezüglich Scanraten, Sensitivität und Massenauflösung bei weitem nicht unseren Anforderungen. Wir verfolgen mit dem beantragten Instrument folgende Ziele: 1. Analysen von Änderungen im Proteom nach Perturbationen durch veränderte Chromosomenzahlen (Aneuploidie), Umweltbedingungen, Wirkstoff-Applikation, oder den Verlust einer Genfunktion in eukaryotischen Modellorganismen. Wir wenden hierfür Markierungen mit stabilen Isotopen (SILAC, 15N) und Massenspektrometrie im Shotgun-Verfahren an. Die hohe Komplexität der Proben, vor allem aus Zeitreihen-Experimenten, erfordert hohe Scanraten bei gleichzeitig hoher Massenauflösung und Sensitivität. 2. Analyse von Protein-Protein-Interaktionen basierend auf stabilen Isotopen und lmmunopräzipitation, sowie Analyse von Dipeptiden aus Crosslink-Ansatzen. Hierfür werden qualitativ hochwertige Fragmentspektren mit hoher Massengenauigkeit benötigt. 3. Analyse von Subproteomen. 4. Analyse von Phosphoproteomen. 5. Analyse von Protein - Lipiden Interaktionen für Membranenanalyse. Das Instrument ist ein zentrales Element für den systembiologischen Schwerpunkt an der TU Kaiserslautern.