权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

新規分子バーコードを用いた高速・高多重度・高空間分解能トランスクリプトーム解析

使用新型分子条形码进行高速、高多样性、高空间分辨率的转录组分析

基本信息

批准号：
20K19927
负责人：
藤田恵介
金额：
$ 2.75万
依托单位：
Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-12-19 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

組織内で数十万個の細胞についてmRNAの種類を同定し、その局在を超解像の分解能で可視化することは、発生生物学や解剖生理学を含む様々な生物学研究に重要な知見を与える。また、そうした技術は、病気の診断と治療に役立つ。これらの目的のため、超解像顕微鏡を利用した１分子fluorescence in situ hybridization(FISH)法といったトランスクリプトーム解析技術が開発されている。しかし既存の超解像顕微鏡を利用した１分子FISH法はFISHプローブの洗い流しと染め直しを繰り返すため、組織切片全体を網羅するために必要な高速イメージングには向かない。本研究では、この技術的な障害を取り除くために、分岐DNA技術、多色蛍光観察技術、DNA相補結合キネティクスの違いを利用した新しい分子バーコード技術を応用した、新規FISHプローブを開発する。本年度に行った研究は以下の通りである。現在、特許申請を検討しているため、技術的な詳細は省く。（１）ガラス表面状にHela細胞から精製したmRNAを固定し、それらmRNAに対して新規FISHプローブを結合させ、その性能を評価した。新規FISHプローブについては、顕微鏡観察によって判別が可能な光学特性が異なる数十種類のプローブをデザインした。（２）（１）で得られた顕微鏡画像をもとに、光学特性の異なるFISHプローブを機械学習によって判別できるアルゴリズムを構築した。その性能については現在評価中である。（３）分岐DNA技術を利用したFISH法のプロトコルをもとに、新規FISHプローブが実際にHela細胞のトランスクリプトーム解析に応用可能であることを確認した。

There are hundreds of thousands of cells in the tissue, and the type of mRNA is determined and the structure can be decomposed by super-resolution. Visualization, biology, anatomy and physiology, biology research, knowledge and understanding are important.また、そうしたTechnologyは、Diagnosis and treatment of disease に丫立つ.これらの目のため、Super-resolution micromirror uses した1 molecule fluorescence in situ Hybridization (FISH) method and analytical technology are used. The existing super-resolution microscopy system utilizes the 1-molecule FISH method and is used for FISH washing and dyeing. It is necessary to do a straight line and a high-speed inspection of the entire tissue section. This research is based on obstacle removal technology, bifurcated DNA technology, multi-color light observation technology, and DNA complementary combination.キネティクスのviolation いをutilization of した新しいmolecule バーコードtechnology を応用した, new regulation FISH プローブを开発する. This year's research is based on the following topics. Now, the patent application is in progress, and the technical details are detailed. (1) ガラス Surface Hela cells から refined したmRNA を fixed し, それらmRNA に対して new regulations FISH プローブを combined させ, そのperformance を価した. New regulation FISH プローブについては, microscopic examination and identification of によって possible and different optical properties of dozens of kinds of のプローブをデザインした. (2) (1) で得られた顕Micromirror imageをもとに、Optical characteristicsのdifferentなるFI SH プローブをMechanical Learning によってDiscrimination できるアルゴリズムをConstruction した. The performance of そのについては is now rated 価中である. (3) Bifurcated DNA technology using FISH method and new FISH method Analysis of the HeLa cell analysis is possible and the confirmation is possible.