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オミクスによるセントロメア機能とゲノム多様性の研究

利用组学研究着丝粒功能和基因组多样性

基本信息

批准号：
21K15064
负责人：
鈴木裕太
金额：
$ 3万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K15064/
关键词：
ゲノムエピゲノムセントロメア遺伝的多様性オミクス

项目摘要

まず、昨年度に引き続き、高精度長鎖DNA解読技術(HiFi)に基づくセントロメア・ゲノム情報の解析を進めた。研究対象試料としては、研究用に広く一般に利用され、かつ、一般に入手可能なである日本人由来B細胞株DNAを用いた。個人間比較を目的とした構造変異の分類手法を新たに考案し、また270検体の解析を同時に行うことでシークエンシングエラーに起因する構造変異の誤検出を取り除く統計的手法を開発し適用することで、集団内に391種類の構造変異を同定した。これら391種類の構造変異を (1)集団内での共有度 (2)最大繰返し数の二つの特徴量から分析することで、一般的には最大繰返し数の大きいものが集団内でより広く共有される傾向があることと同時に、この傾向からの予測を逸脱するような最大繰返し数をもつ少数の構造変異を発見した。また、各検体のある染色体における構造変異分布パターンは、少数のタイプに分類されることを見出したことから、セントロメア・ゲノム配列に直接基づく記述として「セントロタイプ」の概念が導かれた。セントロメア・エピゲノムの解析は、機能的なセントロメア領域に特異的なCENP-Aヒストンタンパクを標的とするChIP-seq実験を進めた。研究用に広く一般に利用され、かつ、一般に入手可能なである細胞株であるCGM18960, CGM18967, CGM18982から、それぞれ固定細胞およびライブラリの作製を完了し、次世代シーケンサ―による解析を実施中である。セントロメア・トランスクリプトームの解析は、上記3検体から選んだCGM18982を対象に先行実験として全RNA-seqを実施した。

In 2010, HiFi technology was used to analyze the basic information of DNA. Research samples are generally used for research purposes, and may be used for Japanese B cell DNA. Comparison between individuals, structural differences, classification methods, new cases, 270 models, simultaneous analysis, structural differences, error detection, selection, statistical methods, development, application, structural differences within the group, The structural variation of the 391 species (1) the degree of commonality within the group (2) the maximum number of returns of two characteristic quantities from the analysis, the general maximum number of returns of two characteristic quantities from the analysis, the general number of returns of two characteristic quantities from the analysis, the general number of two characteristic quantities from the analysis, the general number of returns of two characteristic quantities from the analysis, the tendency of two characteristic quantities from the analysis, the tendency of three characteristic quantities from the analysis, the tendency of two characteristic quantities from the prediction, the In addition, the structural variations in the distribution of chromosomes in each model and the classification of a small number of chromosomes were revealed, which led to the direct basic description and the concept of "Centro Interface" in the layout of the database. The analysis and function of CENP-A and ChIP-seq are specific to the field. The cell lines CGM18960, CGM 18967, CGM 18982 were used in the study. The cell lines CGM18960, CGM18967, CGM18982 were used in the study. The cell lines CGM 18960, CGM 18967, CGM18982 were used in the study. The cell lines CGM 18960, CGM 18967, CGM 18982 were used in the study. The analysis of the above 3 models is carried out in advance of CGM18982 and the full RNA-seq is implemented.