思春期心身機能の健やかな発達を評価する集約的ゲノム指標の開発

开发强化基因组指标，评估青少年身心功能健康发展

• 批准号: 21K15708
• 负责人: 池亀 天平
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K15708/
• 关键词: epigenetics; 思春期コホート; polygenic risk score; GWAS; エピジェネティクス; ポリジェニックリスクスコア; 思春期

TTCサンプル1000検体を超えるサンプルをジャポニカアレイNEOによるSNP解析を行い、更に東北大学メディカル・メガバンクで全ゲノムインピュテーションを行った。PRS予測モデルの構築については、PLINK 及びPRSiseの2種類の解析ツールを用い、PRSの算出にも既に成功している。2年目以降のDNAメチル化解析については、pnTTC第1期から第3期まで縦断検体として存在するものを対象とし、最終的に各150検体の合計450検体に対してゲノ ム網羅的DNAメチル化解析を行うこととし、対象となる検体の唾液サンプルよりDNA抽出を実行し、第1期から第3期までの４５０検体の唾液DNAについて精製終了しており、Infinium Methylation EPIC Kitを用いたメチル化解析を熊本大学大学院分子脳科学教室との共同研究により進める予定である。DNAメチル化解析対象領域として、1)精神疾患感受性CpG部位、および、 2)epigenetic ageなどのバイオマーカー候補CpG部位の解析を行う。精神疾患感受性CpG部位として、申請者らがこれまで同定してきた精神疾患で頑健な変動を認めたCpG部位(約10ヶ所)、および国外の網羅的メチル化解析で同定されたCpG部位のうち、論文内で独立した手法によるvalidationが行われているか、他グループ による再現報告があるCpG部位(約20ヶ所)を対象とする。また、バイオマーカー候補部位として、年齢、死亡率、テロメア長、生活習慣を 評価するCpGの計測を 行う。年齢についてはHorvathの原法では353ヶ所の測定が必要であるが、後継研究により10カ所での利用が最も予測が精密になることが示されており、本計画で は後継研究で報告されたCpG部位を利用する。

TTC サ ン プ ル 1000 検 body を え る サ ン プ ル を ジ ャ ポ ニ カ ア レ イ NEO に よ る SNP parsing を い, more に Northeastern University メ デ ィ カ ル · メ ガ バ ン ク で full ゲ ノ ム イ ン ピ ュ テ ー シ ョ ン を line っ た. PRS to measure モ デ ル の build に つ い て は, PLINK and び PRSise の 2 kinds の ツ ー ル を い, PRS の calculate に も に success both し て い る. 2 years in の DNA メ チ ル resolve analysis に つ い て は, pnTTC 1 か ら 3 ま で 縦 検 broken body と し て exist す る も の を like と seaborne し, final 150 検 に each body の total 450 検 body に し seaborne て ゲ ノ ム snare DNA メ チ ル dissolve the analysis line を う こ と と し, like と seaborne な る 検 body の saliva サ ン プ ル よ り DNA extraction を be し, 1 か ら 3 ま で の 450 検 body の saliva に DNA つ い て refined end し て お り, Infinium Methylation EPIC Kitを uses を たメチ を to resolve を. The molecular 脳 science department of the graduate school of Kumamoto University, と と, jointly conducted research on によ and である. DNA メ チ ル resolve analysis like field seaborne と し て, mental disorders and receptive CpG part 1), お よ び, 2) epigenetic age な ど の バ イ オ マ ー カ ー alternate CpG site の parsing う を line. Mental disorders susceptibility CpG site と し て, applicants ら が こ れ ま で with fixed し て き た mental disorders で robust な - move を recognize め た CpG parts (about 10 ヶ), お よ び abroad の snare メ チ ル resolve analysis で be さ れ た CpG site の う ち, paper で independent し た gimmick に よ る validation が line わ れ て い る か, He グ プ による プ による プ による reproduces reports of があるCpG sites (about 20ヶ stations)を pairs とする. ま た, バ イ オ マ ー カ ー alternate parts と し 齢 て, years, mortality, テ ロ メ ア long, living habits を 価 す る CpG の measuring う を line. Years 齢 に つ い て は Horvath の original method で は 353 ヶ の determination が necessary で あ る が, 継 after research に よ り 10 カ で の used が most も to measure が precision に な る こ と が shown さ れ て お り, this plan で は 継 study で report after さ れ た CpG site を using す る.