空間的トランスクリプトーム解析を用いた特発性肺線維症病態形成の解明

利用空间转录组分析阐明特发性肺纤维化的发病机制

• 批准号: 21K16149
• 负责人: 門田 宰
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Jikei University School of Medicine
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2022-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K16149/
• 关键词: 空間トランスクリプトーム解析; 特発性肺線維症; 空間的トランスクリプトーム解析; シングルセル遺伝子発現解析

特発性肺線維症(IPF)の病因・病態解明は十分でなく，かつ生命予後を改善する有効な治療法は確立されていない．肺線維化進展において，軽い病変から進行した線維化まで時間的，空間的に不均一な線維化病変の混在がIPFの病理組織学的な特徴である．この不均一性が，この難治性線維化進展機序解明の手がかりとなる可能性がある．本研究では，single-cell transcriptomic analysis (scRNA)に加え，病理組織の空間的な位置関係を保持したまま網羅的な解析が可能な空間トランスクリプトーム解析を行うことで，IPF病態進展に関与しうる機能的細胞集団の局在を明らかにするとともに，線維化の不均一性の分子機構を明らかにすることが目的である．初年度は，IPF患者肺組織3名と非IPF患者肺組織3名についてscRNA解析を実施した．また，IPF患者肺組織3名の9切片について，空間トランスクリプトーム解析を行った．scRNA-seqでは，合計29872個の細胞をプロファイリングし，平均読み取り数は97207個/細胞であった．空間トランスクリプトーム解析では，合計21523スポットを解析し，平均リード数は148284リード/スポットであった．正常肺と比較して，IPF肺組織では特徴的な細胞分布がscRNA-seqによって示された．単一細胞のトランスクリプトームと空間的トランスクリプトーム解析を組み合わせることにより，線維芽細胞巣内の細胞の不均一性が認められた．

The cause and pathology of IPF (IPF) have been elucidated very clearly, and effective treatments have been established to improve life after life. The progression of pulmonary dimensional disease is a matter of time, and the progression of pulmonary dimensional disease is temporal and spatial. The linear dimensional disease is mixed in the pathological histology of IPF.このInhomogeneity が, このIntractable linear dimensional progress machine sequence explanation の手 がかりとなる possibility がある. This study is based on single-cell transcriptomic analysis. I The relationship between the progression of PF pathology and the function of the cells is determined by the relationship between PF disease progression and function.もに, the molecular structure of the non-uniformity of the linear dimension and the purpose of the molecular structure. In the first year of this year, we performed scRNA analysis on lung tissue from 3 patients with IPF and 3 lung tissue from non-IPF patients.また, 9 slices of lung tissue from 3 patients with IPF, について, space analysis を行った. scRNA-seq, a total of 29,872 cells were collected, and the average number of cells was 97,207/cell. Space technology analysis technology, a total of 21523 space technology Analysis, average number of リードは148284リード/スポットであった. Compared with normal lung, the specific cell distribution of IPF lung tissue is shown in scRNA-seq. Single cell's tool space's tool analysis groupみ合わせることにより, the inhomogeneity of the cells in the line-dimensional bud cells is recognized by the められた．