網羅的遺伝子解析を用いた強皮症特異的単球master regulatorの同定

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全身性強皮症（SSc）は血管内皮障害および線維化を特徴とする疾患である。単球・マクロファージがその病態に重要な役割を果たしていることは知られているが、SSc特異的単球・マクロファージの同定には至っていない。本研究は、in vitroで分化誘導したマクロファージの網羅的遺伝子解析から、異なる誘導因子によるマクロファージ分化誘導のmaster regulatorを同定し、それらを元にmaster regulator抽出アルゴリズムを構築する。構築したアルゴリズムを用いてSSc単球RNA-seq及び末梢血単核球single cell RNA-seqデータを解析し、SSc特異的単球・マクロファージにおけるmaster regulatorを同定することを目的としている。今年度は、種々マクロファージの誘導コンディションの最適条件の調整を行った。末梢血単核球を密度勾配法にて抽出し、magnetic beadsでCD14+単球を単離し、CSF-1、IL-13/IL-4など各種成長因子、サイトカイン、ケモカイン添加のもと培養し、total RNAを抽出する。この過程において、誘導因子の濃度変化や培養時間の調整により、cell viability等を検討し、最適な誘導条件を設定した。さらに、健常人と全身性強皮症患者における単球・マクロファージ分画を含めた免疫担当細胞の免疫フォノタイプについてマルチカラーフローサイトメトリーにて比較を行い、M1、M2単球での相違が認められた。さらに、既報を参考に、発現変動遺伝子の抽出、pathway解析、データの統合といったRNA-seqおよびscRNA-seqデータの解析手法を習得した。今後は、種々因子により誘導したマクロファージの網羅的遺伝子解析を行い、master regulatorの同定を行いたいと考えている。