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A study of developing a rapid and comprehensive genetic testing method for the diagnosis and treatment of bloodstream infections

开发快速、全面的基因检测方法诊断和治疗血流感染的研究

基本信息

批准号：
21K16327
负责人：
青木弘太郎
金额：
$ 3万
依托单位：
Toho University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究は、血流感染症の原因菌をサブカルチャーを経ずに逐次全ゲノム解析 (WGS) により解析する検査法の開発を目的としている。初年度は、東邦大学医学部倫理委員会の承認を受けて、診療上必要な検査として提出された血液培養検査の残余検体の6検体を対象にプレリミナリーに検討を開始した。検査のTurn-Around-Time (TAT) を短縮するため、簡易的なDNA抽出方法によって得られたDNAをナノポア型超並列シークエンサー (MPS)のFlongle (オックスフォードナノポア・テクノロジーズ: ONT) に供したところ、菌種同定および薬剤耐性遺伝子解析に十分なリード出力が得られなかった。DNAサンプルの純度がリード出力低下に与える影響を低減するため、今年度は磁性ビーズを用いたDNA抽出法に切り替えてその後の検討を進めることとした。修正した一連のワークフローの妥当性を確認するため、研究代表者から採血した血液を血液培養ボトルに接種し、全ゲノム解析が完了している6菌種・各5株の薬剤耐性菌をそれぞれスパイクインして作製した擬似血液培養検体を用いた検討を開始した。2022年前期は購入したFlongleフローセルR9.4.1の品質にバラつきが大きく、安定的な出力が得られにくかった。しかし、2022年後期ではFlongleの品質が比較的向上し、Enterococcus属菌を除く5菌種で検出されるべき薬剤耐性遺伝子がすべて検出できる検体が30株中11株で確認された。2023年初頭から利用可能になったR10.4.1にバージョンアップされたFlongleおよびv14ライブラリ調整試薬に切り替えて同検討を進め、これまでの成績を上回るような高精度かつTATの短い逐次WGS開発を進める。

In this study, the cause of bloodstream infection was characterized by successive full-scale analysis (WGS). The purpose of this study was to analyze the causes of bloodstream infection. At the beginning of the year, the Board of Management of the Department of Medicine of Yabang University recognized that it was necessary to send a proposal for the treatment of blood culture, the residual body, the body and the body. The Turn-Around-Time (TAT) short-term and easy-to-use DNA extraction method was used to determine the accuracy of the DNA test. The Flongle (MPS) was listed as an indicator for the determination of the tolerance of bacteria and bacteria in the same strain. DNA is sensitive to low output and low output. This year, the magnetic field has been cut using the DNA extraction method to improve the performance. It was modified to confirm that it was appropriate to make sure that the blood test, the representative of the research, the blood culture, the blood culture, and the whole laboratory were tested. 5 strains of bacteria, 5 strains of bacteria, 5 strains of resistant bacteria, 5 strains of bacteria, 5 strains of bacteria, In the early part of 2022, when you entered the Flongle market, the R9.4.1 market was completed, and the stability of the market was achieved. After 2022, 11 out of 30 strains of Flongle strains were confirmed to be positive after the elimination of 5 strains of bacteria in the genus Enterococcus. In the beginning of 2023, it is possible to improve the performance of Flongle in the first half of the year. In the beginning of 2023, it is possible to make full use of R10.4.1. In the beginning of 2023, it is possible to make full use of R10.4.1. In the beginning of 2023, it is possible to make full use of R10.4.1. In the beginning of 2023, it is possible to improve the performance of high-precision WGS one by one.