A study of developing a rapid and comprehensive genetic testing method for the diagnosis and treatment of bloodstream infections
开发快速、全面的基因检测方法诊断和治疗血流感染的研究
基本信息
- 批准号:21K16327
- 负责人:
- 金额:$ 3万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
- 财政年份:2021
- 资助国家:日本
- 起止时间:2021-04-01 至 2024-03-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本研究は、血流感染症の原因菌をサブカルチャーを経ずに逐次全ゲノム解析 (WGS) により解析する検査法の開発を目的としている。初年度は、東邦大学医学部倫理委員会の承認を受けて、診療上必要な検査として提出された血液培養検査の残余検体の6検体を対象にプレリミナリーに検討を開始した。検査のTurn-Around-Time (TAT) を短縮するため、簡易的なDNA抽出方法によって得られたDNAをナノポア型超並列シークエンサー (MPS)のFlongle (オックスフォード ナノポア・テクノロジーズ: ONT) に供したところ、菌種同定および薬剤耐性遺伝子解析に十分なリード出力が得られなかった。DNAサンプルの純度がリード出力低下に与える影響を低減するため、今年度は磁性ビーズを用いたDNA抽出法に切り替えてその後の検討を進めることとした。修正した一連のワークフローの妥当性を確認するため、研究代表者から採血した血液を血液培養ボトルに接種し、全ゲノム解析が完了している6菌種・各5株の薬剤耐性菌をそれぞれスパイクインして作製した擬似血液培養検体を用いた検討を開始した。2022年前期は購入したFlongleフローセルR9.4.1の品質にバラつきが大きく、安定的な出力が得られにくかった。しかし、2022年後期ではFlongleの品質が比較的向上し、Enterococcus属菌を除く5菌種で検出されるべき薬剤耐性遺伝子がすべて検出できる検体が30株中11株で確認された。2023年初頭から利用可能になったR10.4.1にバージョンアップされたFlongleおよびv14ライブラリ調整試薬に切り替えて同検討を進め、これまでの成績を上回るような高精度かつTATの短い逐次WGS開発を進める。
は this study, blood flow adapting just-in-time inventory の causes bacterium を サ ブ カ ル チ ャ ー を 経 ず に successive full ゲ ノ ム parsing (WGS) に よ り parsing す る 検 check method の open 発 を purpose と し て い る. Annual は, toho university medical ethics committee at the beginning of の admitted を by け て, diagnosis and treatment on necessary な 検 check と し て proposed さ れ た blood culture 検 residual 検 body の 6 検 body check の を like に seaborne プ レ リ ミ ナ リ ー に を 検 please start し た. 検 check の Turn - Around Time (TAT) を shortening す る た め, simple な DNA extraction methods に よ っ て have ら れ た DNA を ナ ノ ポ ア type super parallel シ ー ク エ ン サ ー (MPS) の Flongle (オ ッ ク ス フ ォ ー ド ナ ノ ポ ア · テ ク ノ ロ ジ ー ズ : ONT) に for し た と こ ろ, bacteria with the お よ び 薬 tonic patience heritage 伝 analytical に son very な リ ー ド output が must ら れ な か っ た. Purity of DNA サ ン プ ル の が リ ー ド output low に and え る を low impact reduction す る た め, our は magnetic ビ ー ズ を with い た DNA extraction method for え に cut り て そ の after の beg を 検 into め る こ と と し た. Correction し た for の ワ ー ク フ ロ ー の justice を confirm す る た め representatives, research か ら blood し た blood を blood culture ボ ト ル に vaccination し, whole ゲ ノ ム parse finished が し て い る 6 strains, 5 strains of の 薬 tonic resistant bacterium を そ れ ぞ れ ス パ イ ク イ ン し て cropping し た quasi blood culture を 検 body with い た を 検 please start し た. In early 2022 は buy し た Flongle フ ロ ー セ ル R9.4.1 の quality に バ ラ つ き が big き く, stable output が な ら れ に く か っ た. し か し, late 2022 で は Flongle の quality が compare し upward, Enterococcus strains of bacteria を except く 5 で 検 out さ れ る べ き 薬 tonic patience heritage 伝 son が す べ て 検 out で き る 検 body が 30 strains of 11 strains で confirm さ れ た. Early 2023 head か ら may use に な っ た R10.4.1 に バ ー ジ ョ ン ア ッ プ さ れ た Flongle お よ び v14 ラ イ ブ ラ リ adjust try 薬 に り cutting for え て beg を 検 into め, こ れ ま で の grades を last time る よ う な high-precision か つ TAT の short い successive WGS open 発 を into め る.
项目成果
期刊论文数量(2)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
次世代シークエンサーを用いた臨床微生物検査への応用と展望
新一代测序仪在临床微生物检测中的应用及前景
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:青木弘太郎;小森 光二;石井良和;舘田 一博;青木弘太郎
- 通讯作者:青木弘太郎
菌液スパイク血液培養検体を用いた高速ナノポア型NGSによる全ゲノム解析プロトコールの評価
使用细菌加标血培养样本使用高速纳米孔 NGS 评估全基因组分析方案
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:青木弘太郎;小森 光二;石井良和;舘田 一博
- 通讯作者:舘田 一博
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ patent.updateTime }}
青木 弘太郎其他文献
院内伝播事例で分離されたIMP-1産生Enterobacter cloacae ST78の遺伝的背景に基づく薬剤耐性プラスミドの解析
基于医院传播病例产IMP-1阴沟肠杆菌ST78遗传背景的耐药质粒分析
- DOI:
- 发表时间:
2017 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
青木 弘太郎;吉澤 定子;長谷川 直樹;岩田 敏;森屋 恭爾;石井 良和;舘田 一博 - 通讯作者:
舘田 一博
青木 弘太郎的其他文献
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
{{ truncateString('青木 弘太郎', 18)}}的其他基金
Development of a rapid whole-genome sequencing platform for the prevention of the nosocomial spread of antimicrobial-resistant bacteria
开发快速全基因组测序平台以预防耐药细菌的医院传播
- 批准号:
22KK0280 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 3万 - 项目类别:
Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (A))
相似海外基金
全ゲノム解析による発光周期の異なるゲンジボタルの遺伝的多様性の解明
通过全基因组分析阐明不同发光周期的源氏萤火虫的遗传多样性
- 批准号:
24K08952 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 3万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
全ゲノム解析とネットワーク分析による医療施設から市中への結核伝播の実態の解明
通过全基因组分析和网络分析阐明结核病从医疗机构传播到社区的实际状况
- 批准号:
24K20250 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 3万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
遺伝性網膜疾患患者の全ゲノム解析で同定したスプライス変異と構造変異の機能評価
通过遗传性视网膜疾病患者的全基因组分析确定的剪接和结构变异的功能评估
- 批准号:
24K12796 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 3万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
全ゲノム解析を基盤とした薬剤感受性試験による流行ESBL産生大腸菌早期検出法の開発
基于全基因组分析的药敏检测流行性产ESBL大肠杆菌早期检测方法的开发
- 批准号:
24K13345 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 3万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
全ゲノム解析基盤による機能・情報統合解析と新規心筋症遺伝子の同定および機序解明
基于全基因组分析的综合功能/信息分析、新型心肌病基因的鉴定和机制的阐明
- 批准号:
23K24328 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 3万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
周産期心筋症の全ゲノム解析と予後予測バイオマーカーの病態関連解明研究
围产期心肌病的全基因组分析以及阐明预后预测生物标志物之间关系的研究
- 批准号:
24K11258 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 3万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
全ゲノム解析およびシングルセル解析による歯根短小症に関わる遺伝要因の網羅的解析
利用全基因组分析和单细胞分析综合分析与短根相关的遗传因素
- 批准号:
24K20051 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 3万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
骨軟部腫瘍全ゲノム解析データに基づく遺伝子異常の機能解析と治療標的の同定
基于骨和软组织肿瘤全基因组分析数据的遗传异常功能分析和治疗靶点识别
- 批准号:
23K24468 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 3万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
蔵付き酵母の全ゲノム解析から探る清酒銘醸地の産地特性
通过酿酒酵母全基因组分析探索著名清酒酿造地区的特征
- 批准号:
23K11589 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 3万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
小児骨肉腫全ゲノム解析データを活用した腫瘍抑制遺伝子の網羅的解析
利用小儿骨肉瘤全基因组分析数据综合分析抑癌基因
- 批准号:
23K19555 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 3万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Research Activity Start-up














{{item.name}}会员




