シングルセル遺伝子発現解析/エピゲノム解析による骨巨細胞腫の発生・進展過程の解明

单细胞基因表达分析/表观基因组分析阐明骨巨细胞瘤的发生发展过程

• 批准号: 21K16648
• 负责人: 津田 祐輔
• 金额: $ 3万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K16648/
• 关键词: シングルセル解析; 軟部明細胞肉腫; 腫瘍免疫; 腫瘍免疫環境; シングルセル遺伝子発現解析; 骨巨細胞腫; エピゲノム解析

明細胞肉腫の原発巣、リンパ節のそれぞれ1検体から組織を採取し、1細胞ごとにdropletに分離し、Reagent Kits v3（10x genomics社）を用いてライブラリ調整した。Hiseq 2500にてシークエンスし、Cell Ranger 6.0を用いて、細胞ごとの遺伝子発現情報を取得した。R 4.0.2, Seurat 4.0を用い、feature RNA 500以上,ミトコンドリア遺伝子占有率15%以下の質の低い細胞のデータを除外した。リガンド-受容体解析にはnichenetrを用いた。原発巣では4631細胞、リンパ節転移部では2322細胞を解析対象とした。2検体を統合し解析を行い、10個のclusterに分けアノテーションを行ったところ、Tumor、T cell、NK cell、Macrophage/Monocyte、Endothelial cell、Fibroblast、B cellが同定された。腫瘍内免疫環境の解析を行うと、特にリンパ節内のCD4+細胞やCD8+細胞は、BATF+ FOXP3+ CTLA4+ CD4+ T cell (Regulatory T cell, Treg)やLAG3+ PD1+ CD8+ T cell(Exhausted T cell)が多く、免疫抑制的な腫瘍環境を形成していた。T regはTGFβ1やCXCL12によって分化誘導されることが知られており、リガンド-受容体解析においてMacrophageやEndothelial cellのTGFβ1リガンドとT細胞におけるTGFβ1受容体、FibroblastのCXCL12リガンドとT細胞のCXCR4受容体との結合が示唆された。シングルセル解析によって、軟部明細胞肉腫内の細胞集団不均一性が明らかになり、免疫抑制的な環境が構築されていることが示唆された。

The origin of a clear cell swelling, the preparation of a sample of tissue, the separation of a cell from a droplet, and the use of Reagent Kits v3 (10x genomics) were carefully adjusted. Hiseq 2500, Cell Ranger 6.0, Cell Ranger 6.0 R 4.0.2, Seurat 4.0, feature RNA 500 or more, and low quality cells with a low percentage of RNA below 15%.リガンド-受容体解析にはnichenetrを用いた。The original cell line was 4631 cells, and the original cell line was 2322 cells. 2. Cluster analysis, 10 cluster analysis, Tumor, T cell, NK cell, Macrophage/Monocyte, Endothelial cell, Fibroblast, B cell CD4 + cells and CD8 + cells in tumor nodes, BATF+ FOXP3 + CTLA4 + T cells (Regulatory T cells, Treg) and LAG3 + PD1 + CD8 + T cells (Exhausted T cells), and immunosuppressive tumor environment were formed. T reg TGFβ1 and CXCL12 are involved in differentiation induction, and the receptor analysis of TGF β1 in Macrophage and Endothelial cells and the binding of TGF β1 receptor, CXCL12 in Fibroblast and CXCR4 receptor in T cells are discussed. Through systematic analysis, the heterogeneity of cell clusters in soft tissue lesions has become apparent, and an immunosuppressive environment has been established.

项目成果

Extra-articular resection of the hip joint for pelvic sarcomas: Are there any oncological and functional risks compared with intra-articular resection?

• DOI: 10.1016/j.jbo.2021.100401
• 发表时间: 2021-12
• 期刊: Journal of bone oncology
• 影响因子: 3.4
• 作者: Fujiwara T;Tsuda Y;Stevenson J;Parry M;Jeys L
• 通讯作者: Jeys L

Role of perioperative chemotherapy and radiotherapy for localized high-grade malignant peripheral nerve sheath tumor at the extremities and trunk wall: a population-based cohort study

围手术期化疗和放疗对四肢和躯干壁局部高级别恶性周围神经鞘瘤的作用：一项基于人群的队列研究

• DOI: 10.1093/jjco/hyac178
• 发表时间: 2023
• 期刊: Jpn J Clin Oncol.
• 作者: Kobayashi H;Zhang L;Okajima K;Hirai T;Tsuda Y;Ikegami M;Kawai A;Tanaka S.
• 通讯作者: Tanaka S.

Surgical outcomes of bone sarcoma of the foot

足部骨肉瘤的手术效果

• DOI: 10.1093/jjco/hyab118
• 发表时间: 2021
• 期刊: Jpn J Clin Oncol 2021
• 作者: Tsuda Y;Fujiwara T;Stevenson JD;Abudu A.
• 通讯作者: Abudu A.

Epithelioid hemangioma of bone harboring FOS and FOSB gene rearrangements: A clinicopathologic and molecular study.

含有 FOS 和 FOSB 基因重排的骨上皮样血管瘤：临床病理学和分子研究。

• DOI: 10.1002/gcc.22898
• 发表时间: 2021-01
• 期刊: Genes, chromosomes & cancer
• 作者: Tsuda Y;Suurmeijer AJH;Sung YS;Zhang L;Healey JH;Antonescu CR
• 通讯作者: Antonescu CR

Role of adjuvant chemotherapy in patients with localized, undifferentiated pleomorphic sarcoma of soft tissue: a population-based cohort study.

辅助化疗在软组织局部未分化多形性肉瘤患者中的作用：一项基于人群的队列研究。

• 发表时间: 2022
• 期刊: Int J Clin Oncol.
• 作者: Kobayashi H;Zhang L;Hirai T;Tsuda Y;Ikegami M;Tanaka S.
• 通讯作者: Tanaka S.