人工的代謝ネットワークを用いた静止相における細胞代謝ダイナミクスの研究
利用人工代谢网络研究静止期细胞代谢动力学
基本信息
- 批准号:22K15069
- 负责人:
- 金额:$ 2.91万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
- 财政年份:2022
- 资助国家:日本
- 起止时间:2022-04-01 至 2027-03-31
- 项目状态:未结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本研究の目的は、微生物が静止相などにおいて示す「長い時間スケール」が、(個々は非常に短い時間スケールを持つ)化学反応ダイナミクスからどのように出現するかを、ボトムアップ手法を主に用いて明らかにすることである。「長い時間スケール」は微生物細胞の示す記憶様の現象や、抗生物質耐性にも関係があるということが実験的に報告されており、「長い時間スケール」がどのように生じるのかを解明することは、微生物学といった基礎研究のみならず、応用分野も含めて広い分野へのインパクトを与え得るものであると考えられる。微生物のもつ実際の反応経路を網羅的に調べることでこの問いに迫るというトップダウンアプローチだけではなく、本研究のようにボトムアップによるアプローチを採用することで、存在する代謝反応データにバイアスされないような、ネットワークとして一般的な性質が得られると期待される。初年度は「人工的化学反応ネットワーク」という、2体1反応のみで構成された非常に単純な化学反応ネットワークのクラスを構築し、その構造的特徴とネットワーク上で起こる化学反応ダイナミクスの間の関係を網羅的に調べた。人工的化学反応ネットワークは、非常に単純なルールで構成されるにもかかわらず、定常状態への緩和に①指数緩和、②指数緩和+プラトー、③べき緩和という3通りの定性的に異なるダイナミクスを示すことが分かった。緩和ダイナミクスとネットワーク構造の関係を調べた結果、化学反応量論係数行列(反応ネットワークの構造を表す行列)の①ランク、②保存量、そして③Stoichiometric Coneと呼ばれる量が緩和の定性的特徴を決定しているらしいことが分かった。
In this study, the purpose of this study is to use the microbiological stationary phase to show that there is a long period of time, (a very short time period of time), the chemical reaction time, the chemical reaction time, the temperature, and the temperature. Long-term exposure to microorganisms shows signs of memory, anti-biotic tolerance, anti-biological tolerance, anti-biotic tolerance, anti-biotic tolerance, anti-bio The division of the field includes the division of the field, the division of the line, the difference between the two groups. Microbes
项目成果
期刊论文数量(7)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
人工的な代謝ネットワークの緩和特性とネットワーク構造
人工代谢网络的弛豫特性和网络结构
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:幡野敦;松本 雅記;Sandeep Krishna;姫岡優介
- 通讯作者:姫岡優介
Bow-tie型代謝ネットワークの出現条件
Bow-tie代谢网络出现的条件
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:幡野敦;松本 雅記;Sandeep Krishna;姫岡優介;新美倫太郎;伊與田裕大
- 通讯作者:伊與田裕大
Structural determinants of relaxation dynamics in a class of ligation-cleavage chemical reaction networks
一类连接-裂解化学反应网络中弛豫动力学的结构决定因素
- DOI:
- 发表时间:2023
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:幡野敦;松本 雅記;Sandeep Krishna
- 通讯作者:Sandeep Krishna
代謝ネットワークの構造によるジェネラリスト・スペシャリスト戦略の出現
基于代谢网络结构的通才-专才策略的出现
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:幡野敦;松本 雅記;Sandeep Krishna;姫岡優介;新美倫太郎
- 通讯作者:新美倫太郎
Structural determinants of relaxation dynamics in chemical reaction networks
化学反应网络中弛豫动力学的结构决定因素
- DOI:10.1101/2022.05.25.493374
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Himeoka Yusuke;Kirkegaard Julius B.;Mitarai Namiko;Krishna Sandeep
- 通讯作者:Krishna Sandeep
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