転移因子の挿入多型と疾患とのゲノムワイド関連解析

转座元件插入多态性与疾病之间的全基因组关联分析

• 批准号: 22K15385
• 负责人: 小嶋 将平
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K15385/
• 关键词: 転移因子; GWAS; eQTL; ゲノムワイド関連解析

ゲノムワイド関連解析（GWAS）には一般的に一塩基多型が用いられる。一方、長鎖配列の挿入や欠損といった構造多型はこれまでGWASにはほとんど用いられていない。本研究ではヒトの構造多型のおよそ25%を占める転移因子多型と疾患との関連を調べるため、独自に開発したソフトウェアを用い、転移因子の挿入多型をヒト集団スケールで同定し、遺伝統計解析の枠組みに取り込むことを目的とした。本年度は、国際1000人ヒトゲノムプロジェクトの2504人に独自のソフトウェアを適用し、多様なヒト集団における転移因子多型を網羅的に同定した。これらの多型情報からインピューテーション参照パネルを作成し、GTExにより収集された838名とバイオバンク・ジャパン（BBJ）により収集された約18万人から転移因子多型の遺伝型を推定した。GTExにおいてeQTLを解析した結果、49のヒト組織において1,073の転移因子多型を含むeQTLが見つかった。BBJにおいて42疾患のGWASを行った結果、ケロイド・２型糖尿病・前立腺がんとの強い関連が見出された。さらに、ヒト線維芽細胞における転移因子挿入のノックアウト実験により、ケロイドと関連する転移因子挿入がケロイド重症化の原因遺伝子NEDD4のエンハンサーであることを明らかとした。本結果は、これまで見過ごされてきたゲノム多型である転移因子多型が疾患リスクとなることを明らかとした結果であり、ゲノム医療や個別化医療へ貢献することが期待される。本研究の結果については、国際学会Cold Spring Harbor Laboratory Meetingにてポスター発表を行い、また、Nature Genetics誌に出版された（申請者が筆頭著者かつ共責任著者）。

通用电气公司的通用一合资企业多类型通用电气公司。一方，将该配列准备加入通用电气制造的多型通用电气GWAS应用于通用电气系统。本研究采用人工神经网络构建多类型神经网络模型，25%占人工神经网络迁移因子多类型神经网络模型的25%，单独使用人工神经网络构建神经网络模型的25%，将迁移因子引入多类型神经网络集合，确定神经网络解析神经网络模型的提取目的。本年度は、国際1000人ヒトゲノムプロジェクトの2504人に独自のソフトウェアを適用し、多様なヒト集団における転移因子多型を網羅的に同定した。通用电气旗下多类型情况下的医疗保健服务机构，GTEx的医疗申请收集了838名医疗保健服务人员·医疗保健服务人员（BBJ）的医疗申请收集了18万人的医疗保健转移因素多类型的医疗保健服务类型的确定。GTEx检测eQTL解译结果，49个等位基因缺失检测eQTL解译结果，1，073个等位基因迁移因子多型含有eQTL解译结果. BBJ烧烤炉42种疾病GWAS行糖尿病水果，可选择性糖尿病·2型糖尿病·前立糖尿病患者，可选择性退出糖尿病。NEDD4是一种新型的肿瘤细胞转移因子，它是一种新型的肿瘤细胞转移因子。本結果は、これまで見過ごされてきたゲノム多型である転移因子多型が疾患リスクとなることを明らかとした結果であり、ゲノム医療や個別化医療へ貢献することが期待される。本研究由美国加州大学伯克利分校，国家科学院冷泉港实验室会议组织，自然遗传学出版社出版。

项目成果

Mobile element variation drives population-specific genome diversification, gene regulation, and disease risk

移动元件变异驱动特定人群的基因组多样化、基因调控和疾病风险

• 发表时间: 2022
• 作者: Shohei Kojima;Nicholas F. Parrish
• 通讯作者: Nicholas F. Parrish

Polymorphisms of endogenous retroviruses in humans: from detection methods to disease risk

人类内源性逆转录病毒多态性：从检测方法到疾病风险

• 发表时间: 2022
• 作者: Shohei Kojima;Nicholas F. Parrish;Shohei Kojima
• 通讯作者: Shohei Kojima

ヒトゲノムの構成成分からゲノム機能と疾患を読み解く

从人类基因组的组成部分解读基因组功能和疾病

• 发表时间: 2022
• 作者: 小嶋 将平;Nicholas F. Parrish
• 通讯作者: Nicholas F. Parrish

Preparation of Non-overlapping Transposable Elements (TEs) Annotation by Interval Tree

通过区间树准备不重叠的转座元素（TE）注释

• DOI: 10.1007/978-1-0716-2380-0_21
• 发表时间: 2022
• 期刊: Methods in Molecular Biology
• 作者: 1.Kenji Tamura;Yuki Kanazashi;Chiaki Kawada;Yuya Sekine;Kazuhiro Maejima;Shingo Ashida;Takashi Karashima;Shohei Kojima;Nickolas F Parrish;Shunichi Kosugi;Chikashi Terao;Shota Sasagawa;Masashi Fujita;Todd A Johnson;Yukihide Momozawa;Keiji In;Kojima Shohei
• 通讯作者: Kojima Shohei

Mobile element variation contributes to population-specific genome diversification, gene regulation and disease risk

• DOI: 10.1038/s41588-023-01390-2
• 发表时间: 2023-05
• 期刊: Nature Genetics
• 影响因子: 30.8
• 作者: Shohei Kojima;S. Koyama;Mirei Ka;Yuka Saito;E. Parrish;Mikiko Endo;Sadaaki Takata;Misaki Mizukoshi;K. Hikino;Atsushi Takeda;Asami F. Gelinas;Steven M Heaton;Rie Koide;A. Kamada;Michiya Noguchi;Michiaki Hamada;Y. Kamatani;Yasuhiro Murakawa;K. Ishigaki;Y. Nakamura;K. Ito;C. Terao;Y. Momozawa;N. Parrish