On-site cancer diagnosis by high-sensitivity detection of genomic abnormalities in residual tumor samples

通过高灵敏度检测残留肿瘤样本中的基因组异常进行现场癌症诊断

• 批准号: 22K16010
• 负责人: 林 明宏
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Asahikawa Medical College
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K16010/
• 关键词: 遺伝子変異; デジタルPCR; 膵癌; 胆道癌; ゲノム診断; 膵胆道癌

膵胆道系腫瘍の確定診断における細胞・組織診において、採取可能な細胞・組織量が少ないために検体不適正（insufficient material）と判定される場合がある。本研究では、膵腫瘍患者を対象に、実地臨床で適確・迅速・安価に運用可能なPCR遺伝子診断システムの構築を目的とする。先行研究で、生検等の生体試料から核酸精製行程をスキップし、微量核酸の絶対定量が可能なデジタルPCR装置を用い液滴への核酸封入によるKRAS変異の有無を簡易検出する方法を開発した（Water-burst法：特願20-192P）。2022年度は本法を改良し、蛍光強度を二次元に表示することでKRASのコドン12変異のうち頻度の高い3種類 (G12D, G12V, G12R)とGNASのコドン201変異2種類 (R201H, R201C) を合わせた5種類のマルチプレックス検出系、加えてKRASコドン12/13に関する頻度の低い5種類 (G12C, G13Dなど)を組み合わせたマルチプレックス検出系の２種類の多重解析技術を構築した。さらに複数のドライバー変異のhotspot変異検出のため領域特異的増幅（ターゲットエンリッチメント）は可能かを検証した結果、膵腫瘍疑いの患者から採取した生検検体等を試料に1ng以下の微量核酸においてもKRAS及びGNAS変異の同時検出と変異タイプの特定が可能なことが確認できた（J Mol Diagn 2023, in press）。2023年度は、反応系を高速化するためSso7d融合ポリメラーゼ等の酵素や反応パラメーターの見直しを行うと共に、癌抑制遺伝子を同時に検出可能な系へと発展させたい。

In the biliary system, make sure that the tissue of the biliary system is not normal, and determine whether it is possible to reduce the amount of tissue (insufficient material). In this study, the patients were diagnosed as having an elephant, and the ground bed was used quickly and safely. It was possible to use the PCR to cut off the symptoms of the patients. It is possible to use liquid droplets to seal the nucleic acid in the PCR device by using liquid droplets to seal the nucleic acid in the PCR device. There is an easy way to find out the method (Water-burst method: special 20-192 P). In the year 2022, the improvement of this law and the second dimension of light intensity are used to express the accuracy of KRAS (G12D, G12V, G12R). (G12D, G12V, G12R). (G12D, G12V, G12R). GNAS (G12D, G12V, G12R). (R201H, R201C). This is true in category 5 (R201H, R201C). (G13D software) the system information system is related to the multi-resolution technology system of the second category. The number of copies of the hotspot may be changed. The results of the experiment, the data of the patients who are suspected to be in the health care unit, and other materials such as the trace nucleic acid sequence KRAS and the GNAS data under the 1ng may be verified at the same time (J Mol Diagn 2023). In press). In the year 2023, enzymes such as high-speed Sso7d fusion and other enzymes have been tested in order to achieve a high-speed response, and the cancer suppressor gene may be used at the same time.

项目成果

Molecular barcode sequencing using duodenal fluid for profiling genomic alterations in pancreatic neoplasms

使用十二指肠液进行分子条形码测序分析胰腺肿瘤的基因组变化

• 发表时间: 2022
• 作者: Yusuke Ono;Kenji Takahashi;Hidenori Karasaki;Yusuke Mizukami;Akihiro Hayashi;Toru Kawamoto;Tetsuhiro Okada;Keisuke Kimura;Nobuyuki Yanagawa;Hirotoshi Iwano;Kuniyuki Takahashi;Yusuke Mizukami
• 通讯作者: Yusuke Mizukami

Mutant GNAS limits tumor aggressiveness in established pancreatic cancer via antagonizing the KRAS-pathway

• DOI: 10.1007/s00535-021-01846-4
• 发表时间: 2022-01
• 期刊: Journal of Gastroenterology
• 影响因子: 6.3
• 作者: Hidemasa Kawabata;Y. Ono;Nobue Tamamura;Kyohei Oyama;J. Ueda;Hiroki Sato-;Kenji Takahashi;Kenzui Taniue;Tetsuhiro Okada;Syugo Fujibayashi;Akihiro Hayashi;T. Goto;Katsuro Enomoto;H. Konishi;M. Fujiya;Keita Miyakawa;M. Tanino;Y. Nishikawa;D. Koga;Tsuyoshi Watanabe;Chiho Maeda;H. Karasaki;A. Liss;Y. Mizukami;T. Okumura

Multiplex Digital PCR Assay to Detect Multiple KRAS and GNAS Mutations Associated with Pancreatic Carcinogenesis from Minimal Specimen Amounts

多重数字 PCR 检测可通过最小样本量检测与胰腺癌发生相关的多种 KRAS 和 GNAS 突变

• DOI: 10.1016/j.jmoldx.2023.02.007
• 发表时间: 2023
• 期刊: The Journal of Molecular Diagnostics
• 作者: Maeda Chiho;Ono Yusuke;Hayashi Akihiro;Takahashi Kenji;Taniue Kenzui;Kakisaka Rika;Mori Miyuki;Ishii Takahiro;Sato Hiroki;Okada Tetsuhiro;Kawabata Hidemasa;Goto Takuma;Tamamura Nobue;Omori Yuko;Takahashi Kuniyuki;Katanuma Akio;Karasaki Hidenori;Liss Andre
• 通讯作者: Liss Andre

細胞外小胞によるmiR-425の細胞間伝達は上皮間葉形質転換を促進し膵癌進展を制御する

miR-425通过细胞外囊泡在细胞间传递促进上皮间质转化并控制胰腺癌进展

• 发表时间: 2022
• 作者: 小山一也;高橋賢治;藤林周吾;林 明宏;河端秀賢;岩本英孝;後藤拓磨;北野陽平; 藤谷幹浩;水上裕輔;横山和典;奥村利勝
• 通讯作者: 奥村利勝

Tumor-suppressive effect of mutant GNAS through the restriction of tumor aggressiveness in established pancreatic cancer.

突变型 GNAS 通过限制已建立的胰腺癌中的肿瘤侵袭性来抑制肿瘤。

• 发表时间: 2022
• 作者: Suzuki Hiroshi;Joshita Satoru;Hirayama Atsuhiro;Shinji Akihiro;Mukawa Kenji;Sako Minako;Yoshimura Naoki;Suga Tomoaki;Umemura Takeji;Ashihara Norihiro;Yamazaki Tomoo;Ota Masao;Hidemasa Kawabata
• 通讯作者: Hidemasa Kawabata