皮膚悪性腫瘍におけるcell-free DNAの解析

皮肤恶性肿瘤中游离DNA的分析

• 批准号: 22K16284
• 负责人: 澤村 創一郎
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Kumamoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K16284/
• 关键词: 皮膚悪性腫瘍; cell-free DNA; circulating tumor DNA; 変異アレル頻度; 有棘細胞癌; 乳房外パジェット病; 血管肉腫

①有棘細胞癌、②乳房外パジェット病、③血管肉腫患者患者から得た経時的な血液検体サンプル、手術検体を用いた腫瘍組織サンプル（controlとしての正常皮膚組織や血液検体も同時取得）のサンプリングを行い、組織DNAと、血漿cell free DNA(cfDNA)を抽出した。血液サンプルが予定数集積できた③血管肉腫に関しては、転移症例5例を中心にターゲットシークエンス解析に提出し、血液サンプルからの変異遺伝子の検出を試みた。検出できた変異遺伝子は全部で9か所あり、これまで報告がない変異部位であった。5例中4例では最低1か所以上の非同義変異がみられた。TP53変異が2例で、複数個所認められたが、重複部位での変異は確認できなかった。そのほか、KDR、DDR2、FGFR2、NF2、NTRK1、SMO、RNF43、FBXW7が各々1症例ずつ検出された。1%以上の変異アレル頻度（VAF)を示した変異を有した症例（TP53 Gly244Val、TP53 Arg133*、RNF43Pro682Ser）では、droplet digital PCRによっても同変異が検出可能であることを確認し、経時的なサンプルを用いてVAFの変化を検証した。1st lineの化学療法施行後にすべての変異が検出できなくなったものの、臨床的に再発を認めた時期にTP53 Arg133*が再度検出され、2nd line以降の治療中は病勢増悪に一致してTP53 Gly244Val、RNF43Pro682Serも再度出現し、全ての変異でVAFが上昇傾向となっていた。これらの結果から、血管肉腫における血漿を用いたLiquid biopsyとしてのVAFモニタリングの有用性が示唆された。

1) have a spine cell carcinoma, 2) outside the breast パ ジ ェ ッ ト patients with disease, (3) patients with vascular meat swollen か ら must た 経 な 検 body blood when サ ン プ ル, surgery 検 を with い た swollen sores organization サ ン プ ル (control と し て の normal skin tissue や blood 検 body も) at the same time の サ ン プ リ ン グ を line い plasma cell, tissue DNA と, free DNA(cfDNA)を extract た. Blood サ ン プ ル が to destiny set product で き た (3) vascular meat swollen に masato し て は cases, planning to move in 5 cases を center に タ ー ゲ ッ ト シ ー ク エ ン ス parsing に し, blood サ ン プ ル か ら の - different heritage 伝 son の 検 try out を み た. 検 out で き た - different heritage 伝 son full で 9 か は あ り, こ れ ま で report が な い - different parts で あ っ た. Of the 5 cases, 4 cases で で the lowest is 1 がみられた so the above is <s:1> non-synonymous mutation がみられた. TP53 variation が2 cases で, multiple identified められたが, repeated site で <s:1> variation で confirmation で な な った った. Youdaoplaceholder0 そ ほ ほ, KDR, DDR2, FGFR2, NF2, NTRK1, SMO, RNF43, FBXW7が each 々1 case ず 検 検 された from された. More than 1% of the <s:1> variation アレ を frequency (VAF)を indicates <s:1> た variation を has <s:1> た cases (TP53 Gly244Val, TP53 Arg133*, RNF43Pro682Ser) で で droplet digital PCR に よ っ て も variations with different が 検 makes possible で あ る こ と を confirm し, 経 な サ ン プ ル を with い て VAF の variations change を 検 card し た. After the effective date of 1 st line の chemotherapy に す べ て の - different が 検 out で き な く な っ た も の の, clinical に 発 を recognize め た period に TP53 Arg133 * が 検 again さ れ, 2nd line to drop の treatment は even raised 悪 に consistent し て TP53 Gly244Val and RNF43Pro682Ser て once again show an upward tendency of で and all て <s:1> changes in でVAFが となって た た た. こ れ ら の results か ら, blood vessels, the meat is swollen に お け る plasma を with い た Liquid biopsy と し て の VAF モ ニ タ リ ン グ の usefulness が in stopping さ れ た.