皮膚悪性腫瘍におけるcell-free DNAの解析

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①有棘細胞癌、②乳房外パジェット病、③血管肉腫患者患者から得た経時的な血液検体サンプル、手術検体を用いた腫瘍組織サンプル（controlとしての正常皮膚組織や血液検体も同時取得）のサンプリングを行い、組織DNAと、血漿cell free DNA(cfDNA)を抽出した。血液サンプルが予定数集積できた③血管肉腫に関しては、転移症例5例を中心にターゲットシークエンス解析に提出し、血液サンプルからの変異遺伝子の検出を試みた。検出できた変異遺伝子は全部で9か所あり、これまで報告がない変異部位であった。5例中4例では最低1か所以上の非同義変異がみられた。TP53変異が2例で、複数個所認められたが、重複部位での変異は確認できなかった。そのほか、KDR、DDR2、FGFR2、NF2、NTRK1、SMO、RNF43、FBXW7が各々1症例ずつ検出された。1%以上の変異アレル頻度（VAF)を示した変異を有した症例（TP53 Gly244Val、TP53 Arg133*、RNF43Pro682Ser）では、droplet digital PCRによっても同変異が検出可能であることを確認し、経時的なサンプルを用いてVAFの変化を検証した。1st lineの化学療法施行後にすべての変異が検出できなくなったものの、臨床的に再発を認めた時期にTP53 Arg133*が再度検出され、2nd line以降の治療中は病勢増悪に一致してTP53 Gly244Val、RNF43Pro682Serも再度出現し、全ての変異でVAFが上昇傾向となっていた。これらの結果から、血管肉腫における血漿を用いたLiquid biopsyとしてのVAFモニタリングの有用性が示唆された。