皮膚悪性腫瘍におけるcell-free DNAの解析

皮肤恶性肿瘤中游离DNA的分析

基本信息

批准号：
22K16284
负责人：
澤村創一郎
金额：
$ 2.91万
依托单位：
Kumamoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

①有棘細胞癌、②乳房外パジェット病、③血管肉腫患者患者から得た経時的な血液検体サンプル、手術検体を用いた腫瘍組織サンプル（controlとしての正常皮膚組織や血液検体も同時取得）のサンプリングを行い、組織DNAと、血漿cell free DNA(cfDNA)を抽出した。血液サンプルが予定数集積できた③血管肉腫に関しては、転移症例5例を中心にターゲットシークエンス解析に提出し、血液サンプルからの変異遺伝子の検出を試みた。検出できた変異遺伝子は全部で9か所あり、これまで報告がない変異部位であった。5例中4例では最低1か所以上の非同義変異がみられた。TP53変異が2例で、複数個所認められたが、重複部位での変異は確認できなかった。そのほか、KDR、DDR2、FGFR2、NF2、NTRK1、SMO、RNF43、FBXW7が各々1症例ずつ検出された。1%以上の変異アレル頻度（VAF)を示した変異を有した症例（TP53 Gly244Val、TP53 Arg133*、RNF43Pro682Ser）では、droplet digital PCRによっても同変異が検出可能であることを確認し、経時的なサンプルを用いてVAFの変化を検証した。1st lineの化学療法施行後にすべての変異が検出できなくなったものの、臨床的に再発を認めた時期にTP53 Arg133*が再度検出され、2nd line以降の治療中は病勢増悪に一致してTP53 Gly244Val、RNF43Pro682Serも再度出現し、全ての変異でVAFが上昇傾向となっていた。これらの結果から、血管肉腫における血漿を用いたLiquid biopsyとしてのVAFモニタリングの有用性が示唆された。

1）鳞状细胞癌，2）使用手术标本（也可以同时获得对照组）和组织DNA和Plasma free DNA（CFDNA）对对照组进行手术样本（正常的皮肤组织和血液样本）进行采样（正常皮肤组织和血液样本）。 ③关于累积血液样本数量的血管肉瘤，我们主要在五个转移性病例上提交了目标序列分析，并试图从血液样本中检测突变基因。总共有9个突变基因可以检测到，这是一个迄今尚未报告的突变位点。在5例中有4例中观察到至少一个非同义突变。观察到两例TP53突变，但可以确认重叠位点的突变。此外，检测到一个案例，每种情况都在KDR，DDR2，FGFR2，NF2，NTRK1，SMO，RNF43和FBXW7中检测到一个情况。在突变等位基因频率（VAFS）为1％或以上的突变（TP53 GLY244VAL，TP53 ARG133*，RNF43PRO682SER）的情况下，液滴数字PCR可以检测到相同的突变，并且使用样本随时间验证了VAF的变化。尽管在第一行化学疗法后不再检测到所有突变，但在临床复发时再次检测到TP53 ARG133*。这些结果表明使用血浆中VAF监测作为液体活检的有用性。