皮膚悪性腫瘍におけるcell-free DNAの解析

皮肤恶性肿瘤中游离DNA的分析

• 批准号: 22K16284
• 负责人: 澤村 創一郎
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Kumamoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K16284/
• 关键词: 皮膚悪性腫瘍; cell-free DNA; circulating tumor DNA; 変異アレル頻度; 有棘細胞癌; 乳房外パジェット病; 血管肉腫

①有棘細胞癌、②乳房外パジェット病、③血管肉腫患者患者から得た経時的な血液検体サンプル、手術検体を用いた腫瘍組織サンプル（controlとしての正常皮膚組織や血液検体も同時取得）のサンプリングを行い、組織DNAと、血漿cell free DNA(cfDNA)を抽出した。血液サンプルが予定数集積できた③血管肉腫に関しては、転移症例5例を中心にターゲットシークエンス解析に提出し、血液サンプルからの変異遺伝子の検出を試みた。検出できた変異遺伝子は全部で9か所あり、これまで報告がない変異部位であった。5例中4例では最低1か所以上の非同義変異がみられた。TP53変異が2例で、複数個所認められたが、重複部位での変異は確認できなかった。そのほか、KDR、DDR2、FGFR2、NF2、NTRK1、SMO、RNF43、FBXW7が各々1症例ずつ検出された。1%以上の変異アレル頻度（VAF)を示した変異を有した症例（TP53 Gly244Val、TP53 Arg133*、RNF43Pro682Ser）では、droplet digital PCRによっても同変異が検出可能であることを確認し、経時的なサンプルを用いてVAFの変化を検証した。1st lineの化学療法施行後にすべての変異が検出できなくなったものの、臨床的に再発を認めた時期にTP53 Arg133*が再度検出され、2nd line以降の治療中は病勢増悪に一致してTP53 Gly244Val、RNF43Pro682Serも再度出現し、全ての変異でVAFが上昇傾向となっていた。これらの結果から、血管肉腫における血漿を用いたLiquid biopsyとしてのVAFモニタリングの有用性が示唆された。

① Patients with acanthous cell carcinoma, ② Extramammary breast disease, ③ Angiosarcoma, blood testicles and tumor tissue for surgery.サンプル(control of normal skin tissue and blood body), tissue DNA, and plasma cells are obtained at the same time Free DNA (cfDNA) is extracted. ③Angiosarcoma, 5 cases of angiosarcoma, 5 cases of metastasis, をcenter, にターゲットシークエンスanalytic にし、blood サンプルからの変伝子の検出をtrial みた.検出できた変伝子はAll で9か所あり、これまでreport がない変different parts であった. In 4 of the 5 cases, the lowest value is 1, so the above is not synonymous. TP53 has 2 cases of divergence, multiple confirmed cases, and divergence of duplicate parts has been confirmed.そのほか, KDR, DDR2, FGFR2, NF2, NTRK1, SMO, RNF43, FBXW7が々1 case eachずつ検出された. 1% or more of the abnormality frequency (VAF) indicates that there are cases of abnormality (TP53 Gly244Val, TP53 Arg133*, RNF43Pro682Ser), droplet digital PCR is the same as the difference, and it is possible to confirm the difference, and the test at the time is confirmed by VAF. 1st line of post-chemotherapy treatment, clinical trial and treatment period, TP53 Arg133* is coming out again, and the treatment is ongoing since the 2nd line, and the disease is getting worse and consistent. TP53 Gly244Val and RNF43Pro682Ser have reappeared, and all VAF has an upward trend.これらのRESULTS から、Angiosarcoma におけるPlasma を Use いたLiquid biopsy としてのVAF モニタリングのeffectiveness が说唆された.