口腔レンサ球菌の網羅的比較ゲノム解析による感染性心内膜炎起因菌の遺伝的特徴の探索

通过口腔链球菌的综合比较基因组分析寻找引起感染性心内膜炎的细菌的遗传特征

• 批准号: 22K16380
• 负责人: 奥野 未来
• 金额: $ 3万
• 依托单位: Kurume University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K16380/
• 关键词: 口腔レンサ球菌; 全ゲノムシークエンス; NGS; ゲノム比較解析

感染性心内膜炎(Infective endocarditis; IE) は、細菌が心臓の内腔を覆う心内膜の表面または弁膜に感染して感染巣を形成することで起こる。IEの感染経路の一つとして口腔内常在細菌の血液への侵入が考えられているが、どのような口腔内常在菌がIE発症ポテンシャルを有しているのか不明である。また、IE発症に関わる病原因子も明確になっていない。本研究は、IEの主要な起因菌の一つであるStreptococcusに焦点を当て、IE発症に関わる病原因子候補を探索するために、IE起因菌の全ゲノムシークエンスデータを用いた比較ゲノム解析に取り組んだ。感染性心内膜炎患者の血液培養サンプルから分離されたS. gordonii 24株, S. mutans 20株、ヒト口腔内から分離されたS. gordonii 14株, S. mutans 8株を収集し、ショートリードによる全ゲノムシークエンスを実施した。また、公開データベースから健常な日本人の口腔内から分離されたS. mutans 約70株の全ゲノムシークエンスデータを取得した。ドラフトゲノムの構築、遺伝子予測を実施し、core-geneによる系統解析を実施した結果、口腔内常在菌とIE起因菌に系統的な偏りは見られなかった。また、IE起因菌に偏在する遺伝子は確認されなかったため、現在、公開データの追加作業と遺伝子のvariant解析を進めている。

Infective endocarditis (Infective endocarditis; IE), bacterial endocarditis, endocardial cover, endocardial surface, epicardial infection, infection, infection. IE infection in the mouth is often caused by bacteria, blood, invasion, infection, and infection. IE's disease is often present in the oral cavity. The pathogens of IE syndrome were clearly identified and the pathogens were not affected. In this study, the main pathogens of IE were the focus of Streptococcus, the pathogens of IE, the pathogens of IE, and the whole pathogens of IE. In patients with infective endocarditis, 24 strains of S.gordonii, 20 strains of S.mutans, 14 strains of S.gordonii and 8 strains of S.mutans were isolated from patients with infective endocarditis. There are about 70 plants in the oral cavity of the Japanese population, which are isolated from each other. Mutans, about 70 plants have been isolated. The results of the test were analyzed by the core-gene system, and the results of the bacterial IE caused by bacteria were detected in the oral cavity. The cause of disease and IE tends to be in the system to confirm that it is necessary to make sure that there is an increase in the performance of the operation. Now, it is open to the public to make further progress in variant analysis.