Integrative molecular characterization of renal cell carcinoma arising in end-stage renal disease

终末期肾病肾细胞癌的综合分子特征

• 批准号: 22K16797
• 负责人: 石原 弘喜
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Tokyo Women's Medical University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K16797/
• 关键词: 腎細胞癌; 透析; 末期腎不全; マルチオミックス解析; 腎不全; マルチオミクス解析; 遺伝子異常

まず透析腎癌として特異的かつ好発する組織型である後天性嚢胞腎随伴腎細胞癌（acquired cystic disease-associated renal cell carcinoma, ACD-RCC）の網羅的遺伝子解析を開始した。すでに過去の知見により、ACD-RCCのゲノムおよびエピゲノムプロファイルの一部は乳頭状腎細胞癌（papillary renal cell carcinoma, PRCC）に類似することを見出している。従って、ACD-RCCとPRCCの遺伝子異常プロファイルを比較することで、ACD-RCCの発癌機序を解明できると考えた。ACD-RCC、散発性PRCC、透析PRCCの新鮮凍結検体を用いてRNA-seqおよびInfiniumEPIC Human Methylationによる網羅的遺伝子発現解析およびDNAメチル化解析を行った。クラスタリング解析などにより、ACD-RCCはPRCCと異なるクラスターを有していることが分かった。従って、ACD-RCCはPRCCとは異なる特異的な発現プロファイルおよびDNAメチル化プロファイルを有していることを見出した。さらにパスウェイ解析などから、ACD-RCCの特異的な発現およびDNAメチル化プロファイルは、アミノ酸代謝を含む代謝関連パスウェイの異常低メチル化による発現上昇により特徴づけられていることを見出した。これらのデータは全てバルク解析によるデータであり、どの細胞の異常なのか判断することが困難である。従って、今後はシングルセル解析やVisiumなどの空間的トランスクリプトーム解析により、細胞および細胞集団ごとの発現プロファイリングを行う予定である。

The analysis of the genetic component of acquired cystic disease-associated renal cell carcinoma (ACD-RCC) has begun. In the past, ACD-RCC has been found to be similar to papillary renal cell carcinoma (PRCC). A comparison of ACD-RCC and PRCC gene abnormalities and a study of ACD-RCC cancer development mechanisms ACD-RCC, sporadic PRCC, dialysis PRCC fresh frozen samples were analyzed using RNA-seq and InfiniumEPIC Human Methylation. The ACD-RCC is the first to analyze PRCC. The ACD-RCC has a unique development strategy. ACD-RCC's specific detection and DNA transformation were observed in the presence of an increase in the occurrence of abnormal low levels of ACD-RCC in the presence of acid metabolism. It is difficult to determine whether a cell is abnormal or not In the future, we will analyze the structure of the cell and the spatial structure of the cell.