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Fast Query Processing for Large Scientific Databases

大型科学数据库的快速查询处理

基本信息

批准号：
22K17894
负责人：
塩川浩昭
金额：
$ 3万
依托单位：
University of Tsukuba
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2026-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

本年度は研究計画に基づき，（１）プロパティグラフ集合ならびに（２）文字列シーケンス集合に対するモチーフに基づくデータ要約技術の開拓と，これらの技術を活用した類似・相関問合せ処理の高速化手法の開発に取り組んだ．各取り組みと研究成果について以下に記載する．（１）本項目では創薬を目的として公開されているタンパク質DBをプロパティグラフ集合とみなし，データ要約と要約に基づく高速な相関問合せ処理手法の開発を行った．データ要約手法ではタンパク質DBにおいて頻出構造を捉える．ランダムに選択した頻出構造はタンパク質DB内において単一ノードなどの簡潔な構造へと要約を行う．このような要約DBを事前に複数構築し，問合せ処理の際には全ての要約DBに対して乱択アルゴリズムに基づいて検索処理を実行する．各要約は少数のノードから構成されることから，従来よりも高速に問合せ処理を実行可能である．また，乱択アルゴリズムにより偽陰性を排除することが可能である．本研究の成果は現在，国際会議に投稿中である．（２）本項目ではDNAシーケンサを用いて獲得したDNAシーケンスDBを題材としてデータ要約技術ならびに問合せ処理技術の開発を行った．DNAシーケンスは４種類の文字から構成される文字列として保存されている．本研究では編集距離を用いたDNAシーケンスDBにおける類似問合せに取り組んだ．（１）で示した方式と同様に，データベース内で頻出する部分シーケンスを着目し，これらを短い文字列へと置き換えることでデータ要約を行う．要約したDNAシーケンス集合に対して編集距離計算を行う際は，各要約から導き出される編集距離の値の上界・下界を用いて探索不要なDNAシーケンスを特定し，問合せ処理の対象から除外する．この方式により，大規模なDNAシーケンスDBに対する高速な問合せ処理を実現した．本研究の成果は国際会議にて発表を行った．

This year's research project is based on the research plan, (1) Research project collection system (2) Text series collection program (2) Character series collection project It is based on the development of technology and the utilization of technology, and the speed-up method of similar and related problems is combined. The research results of each group are recorded below. (1) The purpose and purpose of this project is to disclose the quality of the project to the public Collection of とみなし, データ offer and offer にbase づくHighway な related questions and cooperation せ processing techniques の开発を行った． The データ offer technique is the same as the quality DB and the structure is frequently used.ランダムに选択した frequent structure はタンパクquality DB inner において単一ノードなどの Simple な structure へとoffer を行う．このような Offer DB を Prior to plural construction し, ask for cooperation せ processing のinterior には全てのOffer DB に対して乱択アルゴリズムにbased づいて検SO handle を実行する. Each offer is made up of a small number of items, and it is possible to deal with the problem at high speed.また, random 択アルゴリズムによりfalse negative をexclude することがpossible である. The results of this research are currently being submitted for international conferences. (2) In this project, the DNA tester uses the DNA tester to obtain the DNA tester D B を theme としてデータ offer technology ならびに ask together せ processing technology の発を行った. DNAシーケンスは４Types of charactersからConstitutionされるcharacter sequenceとしてSaveされている. The compilation distance of this study is similar to that of the DNA test using the DB test. (1) The method of showing the same thing is the same as that of the same one, and the part of the part that shows the same thing is the same as the inner one.を目し, これらを Short い character string へとSETきchange えることでデータ OFFER を行う. The offer is a DNA collection, the compilation distance is calculated, and each offer is a guide and the compilation distance isの値の Upper bound and lower bound を Use いて to explore なDNA シーケンスをSpecific し, ask for cooperation せprocess の対 elephant からExcept する．このWAY により, large-scale なDNA シーケンスDB に対する HIGH-SPEED なwen合せprocessing を実成した． The results of this research were presented at an international conference.