省力的にRILs集団を作成するためのマーカー多型データベースツールの開発

开发标记多态性数据库工具，以节省劳动力创建 RIL 群体

• 批准号: 17H00461
• 负责人: 太田 敦士
• 金额: $ 0.35万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Scientists
• 财政年份: 2017
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2017 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17H00461/
• 关键词: 遺伝子マーカー多型; データベース; 系統維持

【研究目的】コムギなど自殖性植物の遺伝解析集団の維持には、系統間の交雑を防ぐために、開花前の花に袋かけをする系統維持方法が従来おこなわれてきた。しかし、大きい集団の場合、労力がかかる方法である。集団管理に遺伝子マーカーを利用した場合、交雑の可否をマーカーの遺伝子型から判断できるため、袋かけ作業は必須ではなくなり、確実な系統化と労力の低減化が期待できる。そこで本研究では、省力的に組換え自殖系統(Recombinant Inbred Lines : RILs)集団を管理するためのマーカー多型管理データベースツールを開発することを目的とした。また、実際にコムギ近縁野生種のRILs初期集団のマーカー多型を調査し、ツールを用いて多型情報を管理した。【研究方法】コムギ近縁野生種Aegilops sharonensisとAe. longissimaの交配F2集団80個体をRILs初期集団とした。保有しているシークエンスデータから、親系統間のSNP多型を抽出し、97個のdCAPSマーカーを作成した。アガロース電気泳動で実際に多型検出できる35マーカーについて、親系統とF2各個体の多型を調べた。マーカー多型管理データベースツールは主に3つの情報(集団情報、系統情報、マーカー情報)を登録、閲覧、編集できるように設計した。ツールには、登録マーカーのうち、RILsの系統管理に必須のマーカーを選抜するプログラムを含めた。この選抜プログラムは遺伝的アルゴリズムをベースに作成した。【研究成果】本研究で開発したツールおよびプログラムはGitHubで公開した。上述のRILs初期集団の情報を本ツールで管理し、系統管理に必須マーカーを選抜したところ、17マーカーが選ばれた。今後、後代集団でもその17マーカーで自殖の成否を確認すれば、確実な系統化が可能であろう。

[objective] to analyze the characteristics of self-propagating plants by using the methods of maintenance, intersystem communication and pre-flowering. The combination of the whole system and the force of the method is very important. The integrated management system makes use of the combination and communication of the system to determine the performance of the system, and the operation of the bag must be monitored to ensure that the system is integrated and the system is reduced. In this study, the labor-saving and labor-saving self-propagating system (Recombinant Inbred Lines: RILs) is integrated into the management system, the management system, the multi-type management system, the multi-type management system, and the multi-type management system. In the early days of RILs, the first collection of polymorphisms was used in the management of polymorphisms. [research methods] A recent wild species, Aegilops sharonensis Ae. 80 individuals of longissima mating F2 were collected in the initial stage of RILs. It is necessary to keep the equipment, the SNP multiplex extraction device in the system, and 97 dCAPS equipment in the system to make a production cycle. There are many types of electrophoretic swimming in the world, such as the 35-year-old, the system F2, and so on. You need to sign up, register, edit, and edit the registration, editing, and editing of multi-type management systems. The registration, registration, and RILs system management must be checked to ensure that you do not have access to the system. Select the command that you want to make it work. [research results] this study is open to the public in the field of GitHub. The above-mentioned initial RILs system management system and system management system must select the appropriate information and 17 percent to select the appropriate information. In the future and later generations, we will focus on whether autocolonization is possible and that systematization is possible.

项目成果

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