マイクロRNAのパスウェイ解析システムの開発

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・研究目的マイクロRNA(miRNA)は生体内に内在する22-24塩基程度の単鎖塩基であり、生命活動における様々な調節作用における重要な役割を担っている。さらにmiRNAはがん細胞の可塑性にも寄与することが近年明らかになり、生命活動解明におけるmiRNAの挙動の研究は重要性を増している。次世代シークエンサーをはじめとする近代の計測機器は大量のmiRNA発現情報データを生成するが、得られた情報から疾患へのパスウェイを推定する方法が、メッセンジャーRNA(mRNA)でのそれに比べて十分に確立されておらず、ここがmiRNA研究のひとつのネックである。本研究では、測定機器から得られたmiRNAからのパスウェイ解析手法を開発するため、豊富なmRNAの遺伝子発現情報からmiRNAのランキングを実施し、その蓋然性を検証する。・研究方法mRNA遺伝子発現データとして、Cancer Cell Line Encyclopedia(NCBI GEO ; GSE36133)、Open TG-GATEs(医薬基盤研究所)を用い、MiRaGE法(田口ら2011)によるmiRNAランキングを実施した。そして選抜されたmiRNAの論文報告との合致性について調べた。・研究成果Cancer Cell Line EncyclopediaのmRNA遺伝子発現データに対し、サンプル数の多いcarcinoma、lymphoid neoplasm、malignant melanoma、haematopoietic neoplasm、gliomaの5組織でのランキング結果で評価したところ、miR-24、miR-17、miR-34a、miR-20a、miR-138、miR-200、miR-449、miR-302などよく知られたがんマーカーmiRNAが選抜された。また、Open TG-GATEsのデータからも、いくつかの毒性マーカー候補が選抜された。この事から、MiRaGE法によるmRNAデータからのmiRNAランキング推定は広く適用できる事が示唆された。同時に本手法で得られたデータベースを活用して、マイクロRNAのパスウェイ解析システム開発の足掛かりが得られた。