偏性嫌気性菌の同定における質量分析法の有用性検討

检查质谱法在鉴定专性厌氧菌中的有用性

基本信息

  • 批准号:
    17H00643
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 0.28万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Encouragement of Scientists
  • 财政年份:
    2017
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2017 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

【研究目的】偏性嫌気性菌は菌種同定が困難であり、薬剤感受性の結果報告までに時間を要してしまうことが臨床検査上の問題点であった。近年、菌種同定までの迅速性やコスト面、同定精度の高さから質量分析法が注目を集めているが、本手法を用いた偏性嫌気性菌の同定精度は十分な評価がされておらず、利用実績が挙げられていない。本研究では、臨床検体から分離された偏性嫌気性菌を対象として、質量分析装置を用いた偏性嫌気性菌同定の有用性の評価を行い、今後の偏性嫌気性菌同定に活用できるデータベースの拡充を行うことを目的とした。【研究方法】質量分析装置を用いたタンパク質解析による同定菌種名と、16S rRNA遺伝子解析による同定結果とを比較し、質量分析法による偏性嫌気性菌の菌種同定の妥当性を検証する。【研究成果】2017年に臨床検体から分離された偏性嫌気性菌353株のうち菌種レベルまで信頼性のある同定評価値(スコア2.0以上)だったものは269株であった。また、同定不能(スコア1.7未満)となった44株に対し16S rRNA遺伝子配列の解析を実施した。データベースに登録されていないものが5株、データベースに登録されているにもかかわらず同定不能になったものが39株であった。39株のうち22株は培養時間を延長させることでスコアが上昇し、菌種・属レベルでの同定可能がとなり、遺伝子配列の結果と一致した。残り17株は培養条件にかかわらず同定不能となった。これら17株とデータベースに登録されていない5株の計22株についてデータベースを追加登録した。本結果から、測定を行うまでの培養日数の違いが同定スコア値に影響を及ぼし同定不能となる菌株が存在するため、培養日数ごとのマススペクトルのデータの収集が必要であると考えられた。
[Objective] It is difficult to identify the species of biased pathogenic bacteria, and the time to report the results of susceptibility is important. In recent years, the rapid identification of strains, high accuracy of identification, and quality analysis methods have been used to focus attention. The accuracy of identification of biased and pathogenic bacteria has been evaluated. The utilization performance has been improved. The purpose of this study is to evaluate the usefulness of the quality analysis device for the identification of highly pathogenic bacteria in clinical samples and to determine the quality of highly pathogenic bacteria in the future. [Methods] Quality analysis equipment was used to compare the identification results of the same species name and 16S rRNA gene analysis, and quality analysis methods were used to verify the appropriateness of the identification of the species of the biased suspect bacteria. [Research Results] In 2017, 353 strains of pathogenic bacteria were isolated from clinical specimens, and 269 strains were isolated from clinical specimens. The analysis of 16S rRNA gene sequence was carried out in 44 strains. The number of plants recorded in the database is 5, and the number of plants recorded in the database is 39. The culture time of 39 strains and 22 strains was prolonged, and the results of strain identification and strain alignment were consistent. 17 strains were cultivated under the same conditions. 17 strains were added to the registry, 5 of them were added to the registry, and 22 were added to the registry. The results show that the number of days of culture and the number of days of culture can not be determined.

项目成果

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  • 通讯作者:
    長野 則之

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