分子量の大きい蛋白質のＮ末端アミノ酸配列分析において高い反応効率を得るための検討

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私は依頼分析として蛋白質・ペプチドのN末端アミノ酸配列分析を行っている。測定には、通常感度の装置とその5倍ほど高感度の装置の2台を用いている。分子量の大きい蛋白質(およそ80kDa以上)の測定は、強酸の反応試薬が原因で非特異的にペプチド結合が切断され、新たに生じたN末端アミノ酸によりバックグランドが上昇し、長いアミノ酸配列決定が困難となる。非特異的なペプチド結合の切断を抑えるため、強酸試薬をガスで送る測定方法を「ガスフェーズ」という。この方法は、ガス圧値により反応効率が変わるため、最適なガス圧値を求め、分子量の大きい蛋白質の長いアミノ酸配列決定を可能とする事を目的とした。1. 標準試料であるβ-ラクトグロブリン(約18kDa)の液体試料を通常感度の装置を用い、ガス圧値を0.1psi毎に設定し、16残基目まで測定して繰り返し収率を求めた。その値が高いほど長い配列決定が可能である。その結果、ガス圧値、0.2psi、0.3psiで高い繰り返し収率を得た。これ迄に、高感度の装置の液体試料では、0.3psi、0.4psiで高い値を得ており、両装置とも0.3psi程度のガス圧値が最適であった。また、PVDF膜試料については、通常感度の装置では0.7psi～0.9psi、高感度の装置では、0.8psiで高い値が得られ、両装置とも0.8psi程度のガス圧値が最適であった。以上により、最適なガス圧値は試料形態で異なり、2台の装置は同様な値である事が分かった。2. 分子量約116kDaのβ-ガラクトシダーゼの液体試料を用い、通常感度の装置で同様に繰り返し収率を求めた。その結果、0.2psi～0.5psiで高い値が得られ、分子量の大きい蛋白質でも標準試料の0.3psiと同様なガス圧値が得られた。測定を重ねて最適値を確実にし、PVDF膜試料や高感度の装置で測定を行う予定である。