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温度勾配ゲル電気泳動法を用いた微細藻群集の多様性解析

利用温度梯度凝胶电泳分析微藻群落多样性

基本信息

批准号：
11740475
负责人：
河地正伸
金额：
$ 1.41万
依托单位：
National Institute for Environmental Studies
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
财政年份：
2000
资助国家：
日本
起止时间：
2000 至 2001
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-11740475/
关键词：
TGGE DNA抽出法微細藻類多様性解析

项目摘要

自然界の微細藻類群集の多様性解析にTGGE法を適用するための基礎データを得ることを目的として、多様な微細藻保存株を用いて、DNAの抽出条件の検討を行った。その結果生物種によって細胞の破砕のされ方、すなわちDNAの抽出効率に差があり、広範囲の生物群を対象として野外試料からDNAを抽出する際には複数の細胞破砕法を併用する必要性が示された。一方、異生物混合サンプルからDNAを抽出する場合、強固な細胞を対象とするビーズ破砕法により、脆弱な細胞に由来するDNAの断片化がすすむことで、PCR反応が影響を受け、種の検出が困難になった。北海道(温根沼)、愛知(知多)、沖縄(古見)の干潟環境で採取した砂泥サンプルについて、試験的に、DNA抽出(CTABのみのマイルドな抽出法)、PCRによるDNA断片の増幅(18SrDNAの約350bpの断片、ユニバーサルプライマーを使用)、TGGE法による解析を試みたところ、(1)珪藻類はいずれの地点でも認識され、(2)亜熱帯域の古見が最も多様性が高いことが示唆され、(3)同プライマーによる鞭毛虫類の検出の可能なことが判明した。知多では顕微鏡観察から24種の珪藻が確認されたにも関わらず、これらは単一バンド(すなわち単一種)として認識された。これは知多の珪藻群集が近縁種で占められており、解析した塩基配列の類似性の高さに起因すると考えられた。また温根沼では生物量が多いにも関わらず、DNAの回収率が低く、解析に大きく影響した。これはサンプル中に含まれていた大量の有機物と粘土による阻害が原因と考えられた。鞭毛虫など顕微鏡では認知されにくい生物種の検出、更に特異性の高いプライマーによる特定生物群を対象とした精度の高い検出が可能であることが示されたが、サンプルの調整、プライマーの選定、DNAの抽出および回収率により、解析結果が大きく影響を受けることから、広範囲の微生物群集を対象とした多様性解析を行うには、更なる検討が必要であることが判明した。

Analysis of the multiplicity of microalgae in nature by TGGE method, the results showed that the microalgae were preserved by microalgae, and the extraction conditions of microalgae were determined by DNA method. Results the results showed that the extraction rate of biological species was different from that of biological species, the extraction rate of DNA, the extraction rate of biota, the extraction rate of biological species, the extraction rate of biota, the extraction rate of biota, On the one hand, the biological mixture causes the DNA to contract, strengthen the cells, and the fragile cells are caused by the fragmentation of the DNA, the response of the PCR, the response of the cells, and the breakdown of the cells. Hokkaido (Wingen Marsh), Hokkaido (know more), Hokkaido (ancient times) dry environment samples were collected from sand and mud samples, DNA extraction, DNA extraction (CTAB extraction method), DNA fragments (18SrDNA fragments), 18SrDNA fragments (350bp fragments), 350bp fragments (used), TGGE method for analysis of sand and mud samples. (1) the location of algal species, (2) the most common knowledge in the domain, and (3) the possibility that flagellates can be detected in the same way. Know more and more information about 24 kinds of algae to make sure that you can make sure that you don't know what to do and how to make sure that you don't know what to do. It is known that there are several kinds of algae clusters in recent years, and the analysis of the similarity of the basic configuration type is related to the cause of the high temperature. The biomass of warm root marsh was much higher than that of DNA, and the recovery rate of Wigen marsh was low, while that of Wingen marsh was low. The reason for the obstruction of a large number of organic materials, such as clay, has been investigated in this paper. Flagellates microscopically know that biological species are detected, more specific biological species are detected, and specific biota are detected with high precision. The results show that the accuracy is high, the precision is high, and the precision is high. The microorganism cluster is similar to the multiplicity analysis line, and it is necessary to determine whether it is necessary.