画像解析法を導入したバイオインフォマティックス
使用图像分析方法的生物信息学
基本信息
- 批准号:16658100
- 负责人:
- 金额:$ 2.24万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Exploratory Research
- 财政年份:2004
- 资助国家:日本
- 起止时间:2004 至 2005
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
遺伝子解析で重要部分なすデータベース検索において,これまで分子生物学からのアプローチや情報学からのアプローチあるいはその融合的アプローチにより幾多のアルゴリズムが研究されてきた.本研究はDNAから遺伝子を発見するプロセスに全く工学的な画像情報処理の考え方を導入した新たなアルゴリズムを開発することを目的とする.遺伝子配列を1次元において20階調の画像とみなし,画像解析で用いられるテクスチャー解析を時計遺伝子に適用させることで,特徴量を抽出し比較することによる遺伝子間の相同性解析の検討と遺伝子の特徴量抽出を行った.材料として,Homo sapiens, Mus musculus, Rattus norvegicus, Xenopus lavevis,およびDaino rerioの時計遺伝子群の一部であるper1,per2,cry1,cry2,clock,bmalの配列を使用した.これらの配列から得られた20種のアミノ酸を0から19の数字で表し,同時濃度生起行列によるテクスチャー解析で特徴量を抽出した.同時濃度生起行列とは,画像中で相対的に一定の位置関係(d)にある2点の濃度対の統計量に基づいた解析方法である.解析には,一様性,コントラスト,および局所一様性の3種類の特徴量を使用し,それぞれの特徴量を異種間で比較した.次に,画素間の距離dを1,5,10に変化させ,特徴量の値の推移を比較した.比較対象として,相同性のないArabidopsis thalianaの遺伝子(wrnexoとT7A14.14)とHomo sapiensの遺伝子(p53)を使用した.d=1のテクスチャー解析において,同じ時計遺伝子では生物種に関わらず特徴量にほとんど差はなく,相同性のある塩基配列間では,特徴量はほぼ同じ値をとる.このことから,同時濃度生起行列よる遺伝子の相同性解析は,有効であることが確認された.また,dを変化させたとき,相同性のある塩基配列間では,特徴量は同じように変化するが,パターンの推移のみに注目すると,相同性のない遺伝子においても,時計遺伝子と同じパターンを示しているものがあるため,いくつかの特徴量のパターンと値の比較を行う必要がある.
An important part of genetic analysis is molecular biology, informatics, fusion, and research. This study aims to introduce new methods for the development of image information processing based on DNA sequencing. A 20-level portrait of a genetic sub-array is analyzed using a time-based genetic analysis method. A feature quantity is extracted from the portrait. Materials,Homo sapiens, Mus musculus, Rattus normicus, Xenopus lavevis, The number of 20 kinds of acids was 0 to 19, and the concentration was extracted from the column. At the same time, the concentration produces rows and columns, and the relative position in the image is determined by the position relationship (d). Analysis of the three types of characteristics of a single property, a single property, a single Next, the distance d between pixels changes from 1 to 5 to 10, and the characteristic value changes from 1 to 10. Comparison of objects, identity of Arabidopsis thaliana (wrnexo T7A14.14) and Homo sapiens (p53) is used.d=1 and analysis of species, identity of Homo sapiens is related to biological species, identity of homo sapiens is related to biological species, identity of homo sapiens is related to biological species. The identity analysis of the genetic material generated by the simultaneous concentration of. The characteristic quantity of the character is changed from the character quantity to the character quantity. The characteristic quantity of the character quantity is changed from the character quantity to the character quantity.
项目成果
期刊论文数量(4)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Pattern extraction from a sequence surrounding a transcriptional starting site using texture analysis : the utility of texture analysis based on the gray level run length matrix
使用纹理分析从转录起始位点周围的序列中提取模式:基于灰度游程矩阵的纹理分析的实用性
- DOI:
- 发表时间:2004
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:H.Murase;K.Fukui
- 通讯作者:K.Fukui
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村瀬 治比古其他文献
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光合成プロセスの最適化アルゴリズムへの適用
在光合作用过程优化算法中的应用
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13876054 - 财政年份:2001
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