高度反復配列MITEを利用したイネゲノム解析法の開発

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本研究は、イネゲノム内に高頻度に存在する転移性因子MITE (Miniature Inverted Repeat Transposable Elements)の配列を利用したMITE-Transposon display (MITE-TD)がゲノム解析において有用であることを検証する目的で実施した。本年度は、MITE-TDを用いたイネゲノムの高密度連鎖地図を作成した。北海道在来系統の栽培イネA58とインド由来の野生イネW107の交雑によって得られたRILs(F5)79系統を供試材料としてMITE-TD解析をおこなった。これによって得られたMITE-マーカー152個は既知のPCRマーカー114個に矛盾無く対応し、イネゲノム12染色体連鎖群全域にわたってマップされた。また、アジアイネ16系統に関してMITEマーカーにおけるバンドの有無から不一致度を計算し、染色体領域毎のゲノム分化程度を調査した。その結果、栽培イネと野生イネの間に第4染色体長腕末端に不一致度の高いマーカーが認められた。この領域は、栽培種と野生種間の特性の違いを顕著に現わす脱粒性遺伝子が座乗することが知られている。従って同領域がアジアイネの栽培化過程における非脱粒性の獲得に貢献した可能性は高い。こうした事例からも今後、MITE-TDがイネゲノムの比較解析に有用な手段となることが検証できた。