高度反復配列MITEを利用したイネゲノム解析法の開発

利用高度重复序列MITE开发水稻基因组分析方法

• 批准号: 14656001
• 负责人: 佐野 芳雄
• 金额: $ 2.18万
• 依托单位: Hokkaido University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 2003
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14656001/
• 关键词: MITE; Transposon-Display; イネ; 多型; 分子マーカー; Trahsposon-Display

本研究は、イネゲノム内に高頻度に存在する転移性因子MITE (Miniature Inverted Repeat Transposable Elements)の配列を利用したMITE-Transposon display (MITE-TD)がゲノム解析において有用であることを検証する目的で実施した。本年度は、MITE-TDを用いたイネゲノムの高密度連鎖地図を作成した。北海道在来系統の栽培イネA58とインド由来の野生イネW107の交雑によって得られたRILs(F5)79系統を供試材料としてMITE-TD解析をおこなった。これによって得られたMITE-マーカー152個は既知のPCRマーカー114個に矛盾無く対応し、イネゲノム12染色体連鎖群全域にわたってマップされた。また、アジアイネ16系統に関してMITEマーカーにおけるバンドの有無から不一致度を計算し、染色体領域毎のゲノム分化程度を調査した。その結果、栽培イネと野生イネの間に第4染色体長腕末端に不一致度の高いマーカーが認められた。この領域は、栽培種と野生種間の特性の違いを顕著に現わす脱粒性遺伝子が座乗することが知られている。従って同領域がアジアイネの栽培化過程における非脱粒性の獲得に貢献した可能性は高い。こうした事例からも今後、MITE-TDがイネゲノムの比較解析に有用な手段となることが検証できた。

This study is aimed at achieving the objective of demonstrating the high frequency of MITE (Miniature Inverted Repeatable Transportable Elements) in a MITE-Transporson display (MITE-TD). This year, MITE-TD is used to create high-density linkage sites. A study on the relationship between the cultivated plant A58 and the wild plant W107 in Hokkaido and the RILs(F5)79 was conducted. 152 known PCR markers were detected, 114 were found to be contradictory, and 12 were found to be linked to the whole chromosome. To investigate the degree of differentiation of each chromosome in the chromosome domain The results of the study showed that the discordance between the cultivated and wild chromosome 4 was higher than that of the wild chromosome. The characteristics of the wild and cultivated species are different from those of the field. The possibility of non-threshing contribution to the cultivation process of the same field is high. This is a case study of MITE-TD and its comparative analysis.

项目成果

Hashida Shinnosuke: "Temperature shift coordinately changes the activity and the methylation state of Transposon Tam3 in Antirrhinum"Plant Physiology. (in press). (2003)

Hashida Shinnosuke：“温度变化协调改变金鱼草中转座子 Tam3 的活性和甲基化状态”植物生理学。

Nagano Hironori: "Characterization of the repetitive sequences in a 200-kb region around the Rice waxy locus, diversity of transposable elements and presence of veied repetitive sequences"Genes & Genetic Systems. 77(2). 69-79 (2002)

Nagano Hironori：“水稻蜡质位点周围 200 kb 区域重复序列的特征、转座元件的多样性以及重复序列的存在”基因

Matsubara Kazuki: "A gene block causing cross-incompativility hidden in wild and cultivated rice"Genetics. 165・1. 343-352 (2003)

松原和树：“隐藏在野生稻和栽培稻中的导致交叉不亲和的基因块”遗传学165・1（2003）。

Takagi Kyoko: "MITE-transposon display efficiently detects polymorphisms among the Oryza AA-genome species"Breeding Science. 53・2. 125-132 (2003)

Kyoko Takagi：“MITE 转座子展示可有效检测稻 AA 基因组物种中的多态性”Breeding Science 53・2 (2003)。

Nagasawa Nobuhiro: "SUPERWOMANl AND DROOPING LEAF genes control floral organ identity in rice"Development. 130. 705-718 (2003)

Nagasawa Nobuhiro：“SUPERWOMANl 和 DROOPING LEAF 基因控制水稻花器官特性”的开发。