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Exon Trapping法ー染色体DNAからの翻訳領域の取得法

外显子捕获法 - 从染色体 DNA 中获取翻译区域的方法

基本信息

批准号：
03808035
负责人：
佐藤孝明
金额：
$ 0.58万
依托单位：
Japanese Foundation For Cancer Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
财政年份：
1991
资助国家：
日本
起止时间：
1991 至 1993
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究の目的はスプライシングベクターを用いたexon trapping法を確立することによりゲノムDNAから成熟型mRNAとして転写される未知のexonを効率よく単離することにある。われわれはSV40のearly promoterとHIVtat遺伝子のスプライシングカセットをもつスプライシングベクラーpSPLIを用いて、第11番染色体11p15及び第17番染色体上にそれぞれマップされたコスミドクローン(63クローン)についてexon trappingを実施した。その結果、56クローン(90%)から平均サイズ約100bpの未知のexon配列をRT-PCR法により単離することができた。更に、第17番染色体上にマップされたコスミドクローンから得られたPCR産物を解析した結果、6クローンについてopen reading frameがとれ、しかも種を越えて高い保存性のあることが確認された。また、それらの1クローンについてcDNAを単離し、コスミド、cDNA、exonのDNA配列を比較検討した結果、exon trapping法で得られたユニークな配列はcos7細胞のスプライシング機構によって正確にスプライシングされたexonであることが明らかとなった。一方、問題点としては、スプライシングベクター内にcriptic siteが存在するためにfalse positiveのexonが誘導されることがある。これらの結果から、exon trapping法はゲノムDNAより直接exonを単離するための非常に有効な手法であるばかりでなく、得られたexonをプローブとして完全長のcDNAの単離が可能である。また、この手法は、positional cloning法による遺伝性疾患や癌抑制遺伝子単離の際にも有効であるとともにtranscriptioanal mapの作成も可能で、cDNAプロジェクションと並んでゲノム解析に大きな貢献が期待される。

The purpose of this study is to use the exon trapping method to determine the number of mature mRNAs in DNA. The rate of unknown mRNAs is unknown. SV40, early promoter, HIVtat, son, baby, girl, girl, baby, girl, girl, The results of the experiment show that the average temperature of 56% is not known to 100bp. The exon configuration is based on the RT-PCR method. On the 17th chromosome, we obtained the results of the analysis of the PCR compounds. The results of the analysis, the results of the open reading frame tests on the 17th chromosome, the higher the preservation rate, the higher the retention rate. Do you want to compare the results of cDNA isolation, DNA, cDNA, and exon? One party, the problem point, please tell me that there is an error in the criptic site. There is a link between the false positive and the exon. The results show that the exon trapping method does not require a direct exon response. There is a significant increase in the accuracy of the exon method. It is possible that the cDNA is completely isolated. The method of positional cloning was used to treat sexual diseases. Cancer suppressants were detected. There was a possibility that transcriptioanal map was made. CDNA was used to analyze the possibility of cancer suppression.