分子進化学的手法によるC型肝炎ウイルスの遺伝子分類とその臨床応用

丙型肝炎病毒分子进化方法的遗传分类及其临床应用

• 批准号: 06670571
• 负责人: 溝上 雅史
• 金额: $ 1.28万
• 依托单位: Nagoya City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
• 财政年份: 1994
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1994 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-06670571/

【目的】C型肝炎ウイルス(HCV)の分類は各種存在し現在混乱状態にある。そこで、HCVの遺伝子の変異度を利用して分子系統樹を作製し、分子系統樹からHCVの分類を試みた。【対象と方法】5′non-coding(5′UTR),core,E1,NS5領域の分子系統樹をneighborjoining法で作成した。解析に使用したHCV株は計658株である。各領域のtypeとsubtypeを明確にするため、各領域毎にtype内とsubtype内の変異度を計算し、その平均(M)と標準偏差(SD)を算出し、M+2SD以内をsubtypeとし、それ以上をtypeとした。【結果】作成された系統樹から、core領域では6つのtypeとと32のsubtype、E1領域では6つのtypeと27のsubtypc、NS5領域では6つのtypeと30のsubtypeに分類された。5′UTR領域の系統樹では、type1とtype6の株がclusteringし両者を分類できず、また、type4も完全に2つの分類された。これらの系統樹からHCVは6つのtypeの少なくとも37のsubtypeに分類された。また、core,E1,NS5各領域のtypeとsubtypeの変異度のM±2SDはどの領域でもoverlapするためにtypeとsubtypeを明確に分類することはできなかった。【考案】core,E1,NS5領域ではHCVは、6つのtypeと37のsubtypeに分けられたが、5′UTR領域ではtypeすら分類出来なかった。さらに、分子系統樹上でclusteringしている株でも、特にtype3,4,6に含まれるHCV株の変異度は、既知のsubtypeの変異度より大きった。このことは、現在使用されている分類法ではtypeとsubtypeを明確に区別することが出来ないことを意味している。さらに、このことは新たに分離したHCV株の分類する際に混乱を生ずることを意味し、今後早急に新しい分類が必要であると思われた。【結語】HCVの分類は、今後臨床的な側面も考慮した新たな分類が必要であると思われた。

[Objective] Hepatitis C virus (HCV) classification and various existing chaotic state The genetic diversity of HCV was studied by molecular phylogenetic tree. Molecular phylogenetic tree of 5 ′ non-coding (5 ′ UTR), core, E1, NS 5 domains is constructed by neighborjoining method. The number of HCV strains analyzed was 658. The type and subtype of each domain are clearly defined. The variation within each domain and subtype is calculated. The average (M) and standard deviation (SD) are calculated. The subtype and subtype are calculated within M +2SD. [Results] The system tree was created, the core domain was classified into 6 types and 32 subtypes, the E1 domain was classified into 6 types and 27 subtypes, and the NS5 domain was classified into 6 types and 30 subtypes. The phylogenetic tree of the 5 ′ UTR domain is divided into three categories: type 1, type 6, type 4, and type 2. The phylogenetic tree of HCV is divided into 6 types and 37 subtypes. The type and subtype of each field are different from M ± 2SD to M ± 2SD. Core, E1, NS 5 domain is classified as HCV, 6 types and 37 subtypes, 5 ′ UTR domain is classified as HCV, 6 types and 37 subtypes. HCV strains are clustered in the molecular phylogenetic tree, and the diversity of HCV strains is different from that of known subtypes, especially those of HCV types 3, 4, and 6. The classification method is used to distinguish between type and subtype. The new HCV strains were isolated and classified. [Conclusion] HCV classification is necessary for future clinical consideration.

项目成果

Orito E,Mizokami M,Nakano T,et al.: "Serum hepatitis C vlrus RNA level as a predictor of subsequent response to interferon-alfa therapy in Japanese patlents with chronic hepatitis C." Journal of Medical Virology. 44. 410-414 (1994)

Orito E、Mizokami M、Nakano T 等人：“血清丙型肝炎病毒 RNA 水平可作为日本慢性丙型肝炎患者对干扰素-α 治疗后续反应的预测因子。”

Suzuki K,Mizokami M,Lau JYN et al.: "Confirmation of hapatitis C virus transmission through neediestick accidents by molecular evolutionary analysis." Journal of Infectious Diseases. 170. 1575-1578 (1994)

Suzuki K、Mizokami M、Lau JYN 等人：“通过分子进化分析证实丙型肝炎病毒通过针刺事故传播。”

Ohno T,Mizokami M,Tibbs CJ,et al.: "Nucleotide sequence of the core region of hepatitis C virus in Pakistan and Bangladesh and the geographic characterisation of hapatitis C virus in South Asia." Journal of Medical Virology. 44. 362-368 (1994)

Ohno T，Mizokami M，Tibbs CJ，等人：“巴基斯坦和孟加拉国丙型肝炎病毒核心区域的核苷酸序列以及南亚丙型肝炎病毒的地理特征。”

Mizokami M,Cojobori T,Lau JYN.: "Molecular evolutionary Virology:Its appiication to hepatitis C virus." Gastroenterology. 107. 1181-1182 (1994)

Mizokami M，Cojobori T，Lau JYN.：“分子进化病毒学：其对丙型肝炎病毒的应用。”

Ina Y,Mizokami M,Ohba K,et al.: "Reducttion of synonymous substitutions in the core protein gene of hepatitis C virus." Journal of Molecular Evolution. 38. 50-56 (1994)

Ina Y、Mizokami M、Ohba K 等人：“丙型肝炎病毒核心蛋白基因同义替换的减少”。