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データベースを用いたDNAプローブ設計支援に関する研究

利用数据库支持DNA探针设计的研究

基本信息

批准号：
07680430
负责人：
伊藤実
金额：
$ 0.83万
依托单位：
Nara Institute of Science and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
财政年份：
1995
资助国家：
日本
起止时间：
1995 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-07680430/
关键词：
DNAプローブ識別文字列オブジェクト指向データベース

项目摘要

あるDNAの母集合S、及び、その部分集合Tに対して、あるDNAがTに属するかどうかを識別するために用いられるDNAプローブの概念を識別文字列という形で数学的に定式化し、任意のS、Tが与えられた時、識別文字列を求めるアルゴリズムを開発してきた。本研究では、そのアルゴリズムをDNAプローブの設計支援に用いるために、(1)分子生物学の専門家にとって使い易いインターフェースを開発すること、(2)DNA集合として、蓄積されている実験データだけでなく、既存のDNAデータベースからのデータも柔軟に利用できること、(3)得られたDNAプローブの候補が望ましくない時、あるいは、集合S,Tを微修正したい時、プログラムを一々再実行せずに済むように効率化すること、等の問題点の解決を図ることを目標とした。(1)についてオブジェクト指向データベースを用いた蛋白質3次構造のデータベースを設計・実装した経験から、テンプレート方式による入力とし、計算機に不慣れな人でも容易に使えることを考慮した。(2)について、入力S,Tを指定する方法は主にキーワードによるが、最近、注目されてきた系列データベースに関する質問言語の導入が可能かどうかを現在考察している。(3)については、プログラムでは一般化接尾語木を基本データ構造として用いており、その構成に時間が掛かるため、入力の更新に対応して、一般化接尾語木の更新(挿入・削除・変更)が行なえるようにするためのアルゴリズムの開発を行なってきた。更に、これまで、識別文字列に関して、Tに属するすべての文字列の部分文字列でなければならないという条件を課してきたが、本研究では、Tに属する各文字列に対して、ある指定された定数ε以下の距離の離れた部分文字列が存在すれば良いという条件への拡張を行なった。その拡張により、従来のアルゴリズムでは見つからない場合でも、識別文字列が見つけられる可能性が出てきた。その拡張のもとでのアルゴリズムの開発・実現を行なっている。

The parent set of DNA, S, and T, is a partial set of DNA, T, T, This study includes the following aspects: (1) the development of DNA design support in molecular biology,(2)DNA aggregation and accumulation,(3) the selection of DNA candidates,(4) the selection of DNA candidates,(5) the selection of DNA candidates,(6) the selection of DNA candidates,(7) the selection of DNA candidates,(8) the selection of DNA candidates, and (9) the selection of DNA candidates. T: The time of correction, the time of correction and the time of correction. (1)In order to design and implement the three-fold structure of proteins using digital objects, we have taken into account the power of the TEN-PLER method, and the fact that computers are not accustomed to being used by humans but are easy to use. (2)For example, if you are interested in the topic, you may be interested in the topic. If you are interested in the topic, you may be interested in the topic. (3)The basic structure of the generic suffix, the use of the suffix, the composition of the suffix, the updating of the suffix. In this study, the distance between each character string belonging to T and the distance between each character string belonging to T and the distance between each character string belonging to T and the distance between each character string belonging to T exists. For example, if you want to identify a text string, you can use it to identify a text string. The development and implementation of the project will take place in the near future.