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Relations between cell population dynamics in non-stationary environment and generation time fluctuation

非平稳环境下细胞群动态与世代时间波动的关系

基本信息

批准号：
21K20672
负责人：
野添嵩
金额：
$ 2万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-08-30 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

前年度に引き続き有限集団の定常データに適用可能な既存の手法の妥当性及び限界を確認するための数値シミュレーションと実験データにへの適用を行ったことに加え、本年度は定常性の低い既存の実験データの解析を行った。まず従来の細胞系譜解析手法が環境の定常性を前提とせず適用できることに着目し、集団として増殖が静止した状態から採取された細胞が指数関数的に増殖するようになる過程という定常性の低い細胞系譜を定常性の高い細胞系譜と比較した。新たに導入された2種類の選択強度は、定常性の高い環境ではほぼ同じ値をとる傾向を示す一方で、定常性の低い細胞系譜ではその傾向から大きく外れることがわかった。以上の成果は本年度出版された論文で報告している。さらに、この論文では世代時間がゆらぐ増殖モデルでの理論計算も行っており、この結果も本研究を進める上で重要な指針となる。次に細胞の排除や死亡を含む個体群動態において細胞の定量的形質の違いによる選択がどの程度起きるのかを定量的に評価する方法を考案した。この手法は細胞の排除や死亡が起こらない細胞系譜を対象とした従来の解析の枠組みの拡張となっている。成長を持続する細菌集団に対し致死濃度の抗生物質を投与する中での生き死にを追跡した細胞系譜を対象とした解析や、増えた細胞を排除しながら一定数の細胞集団を維持するような増殖系の実験データを対象にした解析を行い、本手法の実験データへ適用可能性を評価した（海外共同研究者との共著論文として投稿中）。以上の成果は次年度実施する予定の変動環境下における増殖する細胞集団の実験データを解析する上で有用であることが期待される。

The appropriateness and limitation of the existing method for the previous year's introduction of a finite set of fixed parameters, and the analysis of the existing parameters for the current year's fixed parameters The method of analyzing the spectrum of cell lines in the future is based on the premise that the environment is stable, and the method of analyzing the spectrum of cell lines in the future is based on the premise that the environment is stable, and the method of analyzing the spectrum of cell lines in the future is based on the premise that the environment is stable. The selection intensity of the two kinds of new introductions is different from that of the steady state and the high environment. The above results are published in this year's paper. The theoretical calculation of this paper is an important guide to the progress of this study. The method of quantitative evaluation of cell quality and its selection and evaluation of cell death and population dynamics was investigated. The method of cell elimination, cell death, cell genealogy, image analysis, cell organization, and cell expansion The growth of bacterial colonies in lethal concentrations was evaluated by tracing cell lineages, analyzing and eliminating cell lineages, and evaluating the applicability of the method (co-authored by overseas researchers) These results are expected to be useful in the analysis of cell populations in a given dynamic environment