肝細胞癌におけるカスタム遺伝子パネルを用いた循環腫瘍DNAの検出と有用性の探求

使用定制基因组探索肝细胞癌中循环肿瘤 DNA 的检测和效用

• 批准号: 22K20794
• 负责人: 藤井 康智
• 金额: $ 1.83万
• 依托单位: Hiroshima University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-08-31 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K20794/
• 关键词: 循環腫瘍DNA; 肝細胞癌; リキッドバイオプシー; バイオマーカー

本年度では、研究計画study1に示す通り、TP53、TERT、CTNNB1の3-gene panelを用いて検出された循環腫瘍DNA((ctDNA)と組織DNAの変異がどの程度一致しているかを検証し、またバイオマーカーとしての機能を評価するために、2014/3から2021/5の期間で、切除症例、腫瘍径>3cm、AFP/PIVKAⅡ陰性を満たす30例を抽出し、腫瘍DNAおよび末梢血リンパ球DNAと、cell-free DNAを、 3-gene panelを用いてライブラリー調整後、次世代シークエンス、バイオインフォマティクス解析を行った。腫瘍DNAでは、TERT promoter変異が30例中19例、TP53変異が 9例、CTNNB1変異が4例であった。一方cell-free DNAでは、ctDNAとしてTERT promoter変異が30例中3例、TP53変異が 9例、CTNNB1変異が1例しか検出されなかった。ctDNAで検出されたTERTとCTNNB1変異は、全て腫瘍での変異と一致していたが、TP53変異は9例中1例のみしか一致していなかった。十分なcoverageが確保できなかった症例11から20、腫瘍・ctDNAいずれの変異も検出されなかった4例、およびctDNAでクローン性造血の可能性が考えられた症例 (腫瘍で検出なくTP53変異頻度1%未満) の2例除いた14例で検討した結果、ステージが高く、腫瘍個数が多く、最大径が大きい症例ほどctDNAの検出率は高いことが示された。今回の研究では、対象となった症例は全体的にステージが低く、腫瘍量も少ないため、ctDNAの検出率が低かったことが考えられた。検出率が低く、検出された症例数が少なく十分な検討ができなかったため、今後はより進行例（StageⅢ以上）の症例に焦点をおいた再検討を行う必要があると考える。

This year, the study1 showed that the 3-gene panel of TP53, TERT and CTNNB1 was used to detect circulating tumor DNA(ctDNA) and tissue DNA to the same degree. During the period from March 2014 to May 2021, 30 cases of tumor diameter>3cm and AFP/PIVKA II negative were extracted. Tumor DNA and peripheral blood lymphocyte DNA, cell-free DNA, 3-gene panel can be adjusted with Iteraiblarirai, and the next generation of Shiraku Einkus and Banioiinf tekus analysis will be carried out. 19 of 30 cases of tumor DNA, TERT promoter, TP53 and CTNNB were different. 3 out of 30 cell-free DNA, 9 TP53 and 1 CTNNB promoter were found to be different. CTNNB1, TP53 and CTNNB 1 were different. 11 cases of 11 cases of 14 cases of 11 cases of 20 cases of 11 cases of 14 cases of 11 cases of 11 cases of 11 In this study, the number of cases was low, and the detection rate of ctDNA was low. The detection rate is low, the number of cases detected is low, the number of cases in the future is high, and the number of cases in the future is high.