Inference of plant adaptive radiation based on idiosyncratic phylogenetic signals in genomes.

基于基因组中特殊系统发育信号的植物适应性辐射的推断。

• 批准号: 22H02699
• 负责人: 井鷺 裕司
• 金额: $ 7.82万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2026-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22H02699/
• 关键词: 生物多様性; 種分化; 保全ゲノミクス; 適応放散; 浸透交雑; 適応的浸透交雑; 分岐年代推定; 種間交雑; ゲノムスキャン

ニューカレドニアで適応放散を遂げたシソ科植物Oxera属植物のなかで、縮約ゲノム解読(MIG-seq)によって新たに認識され、同所的に生育する姉妹種O. palmatinerviaから区別された新種O. sympatrica(仮称)の種分化プロセスと適応放散プロセスをゲノム情報をもとに解析した。O. sympatricaの花形態は同じOxera属robustaサブクレードに属するO. coriacea に類似しており、花形態の収斂進化や平行進化が起きた可能性がある。そこでrobustaサブクレードに属する６種と外群３種に着目し、ショットガンシーケンスで解読された断片配列をO. baladicaのゲノム配列にマッピングし、変異検出を行った。得られた全ゲノム一塩基多型データを用い、系統解析（IQ-TREE、SVDQ）と分岐年代推定（SNAPP）、種間交雑解析（f-branch統計量、SNaQ）、浸透ゲノム領域を推定するゲノムスキャン（fd統計量のスライディングウィンドウ解析、SAGUARO）を行った。分岐年代推定により、新種O. sympatricaと姉妹種O. palmatinerviaはおよそ47万年前の更新世に分岐したことが推定され、更に種間交雑解析により、O. sympatricaの共通祖先がO. coriaceaから浸透交雑を受けたことが推定された。O. coriacea とO. sympatricaの花形態は非常に類似しており、（１）過去の種間交雑により花形態に関連する遺伝子領域が浸透した可能性と、（２）花形態が類似していたことにより種間交雑が起こった可能性がある。以上の解析により、Oxera属robustaサブクレードにおいて、浸透交雑が花形態と生殖隔離の進化を引き起こした可能性が示された。

Oxera plants of the family Oxera (MIG-seq) are new to the family Oxera, and the family Oxera plants are new to the family Oxera. palmatinervia Sympatrica is a species that is divided into two parts: O. The flower morphology of sympatrica is the same as Oxera. coriacea is similar to coriacea, and the evolution of flower morphology is parallel to coriacea. The robusta genus consists of 6 species and 3 species belonging to the outer group. Baladica's distribution The results are as follows: (1) All types of data are used;(2) Systematic analysis (IQ-TREE, SVDQ);(3) Divergent dating (SNAPP);(4) Interspecific intersection analysis (f-branch statistics, SNaQ);(5) Infiltration domain estimation;(6) System analysis (fd statistics);(7) SGUARO. A new species O. sympatrica O. Palmatinervia was found to have diverged 470 000 years ago from the Pleistocene, and the interspecific interactions were analyzed. sympatrica and common ancestor O. coriacea O. coriacea とO. The flower morphology of sympatrica is very similar,(1) the interspecific hybridization in the past is related to the interspecific hybridization in the past, and (2) the interspecific hybridization in the past is similar. The above analysis shows that Oxera belongs to robusta, and the evolution of flower morphology and reproductive isolation is possible.

项目成果

適応放散を遂げたシソ科 Oxera 属における隠蔽種の進化史推定

估计唇形科 Oxera 中经历适应性辐射的隐秘物种的进化历史

• 发表时间: 2023
• 作者: 池田隆介;陶山佳久;Gildas GETABLE;寺内真;野口英樹;井鷺裕司
• 通讯作者: 井鷺裕司