Inference of plant adaptive radiation based on idiosyncratic phylogenetic signals in genomes.
基于基因组中特殊系统发育信号的植物适应性辐射的推断。
基本信息
- 批准号:22H02699
- 负责人:
- 金额:$ 7.82万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
- 财政年份:2022
- 资助国家:日本
- 起止时间:2022-04-01 至 2026-03-31
- 项目状态:未结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
ニューカレドニアで適応放散を遂げたシソ科植物Oxera属植物のなかで、縮約ゲノム解読(MIG-seq)によって新たに認識され、同所的に生育する姉妹種O. palmatinerviaから区別された新種O. sympatrica(仮称)の種分化プロセスと適応放散プロセスをゲノム情報をもとに解析した。O. sympatricaの花形態は同じOxera属robustaサブクレードに属するO. coriacea に類似しており、花形態の収斂進化や平行進化が起きた可能性がある。そこでrobustaサブクレードに属する6種と外群3種に着目し、ショットガンシーケンスで解読された断片配列をO. baladicaのゲノム配列にマッピングし、変異検出を行った。得られた全ゲノム一塩基多型データを用い、系統解析(IQ-TREE、SVDQ)と分岐年代推定(SNAPP)、種間交雑解析(f-branch統計量、SNaQ)、浸透ゲノム領域を推定するゲノムスキャン(fd統計量のスライディングウィンドウ解析、SAGUARO)を行った。分岐年代推定により、新種O. sympatricaと姉妹種O. palmatinerviaはおよそ47万年前の更新世に分岐したことが推定され、更に種間交雑解析により、O. sympatricaの共通祖先がO. coriaceaから浸透交雑を受けたことが推定された。O. coriacea とO. sympatricaの花形態は非常に類似しており、(1)過去の種間交雑により花形態に関連する遺伝子領域が浸透した可能性と、(2)花形態が類似していたことにより種間交雑が起こった可能性がある。以上の解析により、Oxera属robustaサブクレードにおいて、浸透交雑が花形態と生殖隔離の進化を引き起こした可能性が示された。
Oxera plants of the family Oxera (MIG-seq) are new to the family Oxera, and the family Oxera plants are new to the family Oxera. palmatinervia Sympatrica is a species that is divided into two parts: O. The flower morphology of sympatrica is the same as Oxera. coriacea is similar to coriacea, and the evolution of flower morphology is parallel to coriacea. The robusta genus consists of 6 species and 3 species belonging to the outer group. Baladica's distribution The results are as follows: (1) All types of data are used;(2) Systematic analysis (IQ-TREE, SVDQ);(3) Divergent dating (SNAPP);(4) Interspecific intersection analysis (f-branch statistics, SNaQ);(5) Infiltration domain estimation;(6) System analysis (fd statistics);(7) SGUARO. A new species O. sympatrica O. Palmatinervia was found to have diverged 470 000 years ago from the Pleistocene, and the interspecific interactions were analyzed. sympatrica and common ancestor O. coriacea O. coriacea とO. The flower morphology of sympatrica is very similar,(1) the interspecific hybridization in the past is related to the interspecific hybridization in the past, and (2) the interspecific hybridization in the past is similar. The above analysis shows that Oxera belongs to robusta, and the evolution of flower morphology and reproductive isolation is possible.
项目成果
期刊论文数量(1)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
適応放散を遂げたシソ科 Oxera 属における隠蔽種の進化史推定
估计唇形科 Oxera 中经历适应性辐射的隐秘物种的进化历史
- DOI:
- 发表时间:2023
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:池田隆介;陶山佳久;Gildas GETABLE;寺内真;野口英樹;井鷺裕司
- 通讯作者:井鷺裕司
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ patent.updateTime }}
井鷺 裕司其他文献
生態学者が書いた DNA の本 -メンデルの法則から遺伝情報の読み方まで
生态学家撰写的一本关于 DNA 的书 - 从孟德尔定律到如何解读遗传信息
- DOI:
- 发表时间:
2013 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
井鷺 裕司;陶山 佳久 - 通讯作者:
陶山 佳久
昆虫付着花粉の遺伝解析により明らかになったホオノキの多様な花粉移動パターン
通过对昆虫附着的花粉进行遗传分析揭示了木兰的不同花粉运动模式
- DOI:
- 发表时间:
2009 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
松木 悠;舘野 隆之輔;柴田 銃江;井鷺 裕司 - 通讯作者:
井鷺 裕司
ヒグマの栄養状態に影響を与える環境要因の解明:ヒグマによるシカ駆除・狩猟残滓の利用に注目して
阐明影响棕熊营养状况的环境因素:关注鹿的灭绝和棕熊狩猎残渣的利用
- DOI:
- 发表时间:
2012 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
井鷺 裕司;陶山 佳久;地頭薗隆;立花敏;清水ゆかり・高田まゆら・間野勉・宇野裕之・深澤圭太・大澤剛士・赤坂宗光・佐藤喜和 - 通讯作者:
清水ゆかり・高田まゆら・間野勉・宇野裕之・深澤圭太・大澤剛士・赤坂宗光・佐藤喜和
絶滅危惧種の分布フロント個体群を対象としたゲノムワイド解析
针对濒危物种分布前沿种群的全基因组分析
- DOI:
- 发表时间:
2020 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
芝林 真友;伊東 拓朗;國府方 吾郎;阿部 篤志;横田 昌嗣;遊川 知久;陶山 佳久;内貴 章世;栗田 和紀;永野 惇;本庄 三恵;井鷺 裕司 - 通讯作者:
井鷺 裕司
Unique parallel adaptive radiations of genus Sedum (Crassulaceae) in a continental island of Taiwan
台湾大陆岛屿景天属(景天科)独特的平行适应性辐射
- DOI:
- 发表时间:
2018 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
德弘 千夏;井鷺 裕司;伊東 拓朗;國府方 吾郎;阿部 篤志;内貴 章世;松尾 歩;陶山 佳久;伊東 拓朗・游 旨价・鍾 國芳・横田 昌嗣・永野 惇・國府方 吾郎;Guterrez-Ortega Jose Said・Salinas-Rodriguez Maria Magdalena・伊東拓朗・ Perez-Farrera Miguel Angel・Vovides Andrew P.・Martinez Jose F.・Molina-Freaner Francisco・ Hernandez-Lopez Antonio・川口利奈・永野惇・綿野泰行・梶田忠・高橋佑磨・村上正志;國府方吾郎・伊東拓朗・鈴木裕美子・村上哲明・横田昌嗣;伊東 拓朗;Takuro ITO・Chih-Chieh YU・Kuo-Fang CHUNG・Goro KOKUBUGATA - 通讯作者:
Takuro ITO・Chih-Chieh YU・Kuo-Fang CHUNG・Goro KOKUBUGATA
井鷺 裕司的其他文献
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
{{ truncateString('井鷺 裕司', 18)}}的其他基金
ゲノム内の特異系統シグナルで探る植物の適応放散プロセス
利用基因组内独特的系统发育信号探索植物的适应性辐射过程
- 批准号:
23K23962 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 7.82万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
ゲノム情報に基づく希少針葉樹種コウヤマキの遺伝的多様性評価と保全
基于基因组信息的珍稀针叶树Kouyamaki遗传多样性评估与保护
- 批准号:
10F00792 - 财政年份:2010
- 资助金额:
$ 7.82万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
相似海外基金
同倍数性交雑は連続的な種分化を駆動するか
同倍体杂交是否驱动连续物种形成?
- 批准号:
24K09619 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 7.82万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
完了しない種分化には何が足りないのか?:昆虫のホストレースを例に
不完全形态缺少什么?
- 批准号:
23K27234 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 7.82万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
貝殻を利用する矮小シクリッドの平行進化および側所的種分化の機構解明
使用贝壳的矮慈鲷的平行进化和横向物种形成机制
- 批准号:
23K23949 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 7.82万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
線虫の生活様式多様化と種分化に関する統合的研究
线虫生活方式多样化与物种形成综合研究
- 批准号:
23K23953 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 7.82万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
半分種分化―大規模な自然種間交雑と一方向的な遺伝子浸透のゲノム分析
半物种:大规模自然种间杂交和单向基因渗透的基因组分析
- 批准号:
23K26935 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 7.82万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
海水魚類における交雑種分化の生態・行動・遺伝的基盤
海洋鱼类杂交物种形成的生态、行为和遗传基础
- 批准号:
24K02087 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 7.82万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
フユシャク類にみられる平行種分化とゲノムの構造不安定性
在蜥蜴中观察到的基因组的平行物种形成和结构不稳定性
- 批准号:
23K21340 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 7.82万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
雑種形成から始まる種分化:日本産両生類を用いた新たな種多様性形成メカニズムの解明
从杂交开始的物种形成:利用日本两栖动物阐明物种多样性形成的新机制
- 批准号:
24K02085 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 7.82万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
植食性昆虫の最近の種分化は地理的隔離だけでなく寄主転換の影響も受けたか?
最近植食性昆虫的物种形成是否不仅受到地理隔离的影响,而且还受到宿主转换的影响?
- 批准号:
24K17897 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 7.82万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
環境感受性の進化が駆動する植物の種分化機構の解明
阐明环境敏感性演化驱动的植物物种形成机制
- 批准号:
23K23946 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 7.82万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)