ロングリード技術を用いた統合ゲノム解析による中枢神経系胚細胞腫の病態解明

順天堂大学で保管している胚細胞腫コンソーシアムまたはJCCG中央診断の余剰検体から、非ジャーミノーマ胚細胞腫を中心に中枢神経系胚細胞腫 27例の凍結手術検体とマッチした血液DNAに対し、PromethIONを用いたロングリードシークエンスを研究分担者である東京大学大学院新領域創成科学研究科鈴木穣教授の研究室で行った。一部は先進ゲノム支援の支援のもとに行われた。腫瘍と血液DNA合わせて54検体については、DIN値の平均は7.9と比較的DNAのインテグリティは保たれていた。解析が完了した16検体については、全リード塩基数は平均106Gb、N50は平均9.7kbだった。Read depthは平均36だった。これらについては先行研究においてショートリードの全ゲノム解析とRNAシークエンスが行われており、ロングリード解析データとの比較を進めている。また、日本人健常対象集団と比較して有意な頻度差を示す多型を検索し、中枢神経系胚細胞腫の遺伝要因を同定する目的で、アジア人に多い塩基多型を集めたマイクロアレイ（Infinium Asian Screening Array）を用いてゲノムワイド関連解析を行うため、胚細胞腫コンソーシアムまたはJCCG中央診断の余剰検体として保管されている400例あまりの中枢神経系胚細胞腫からDNAの抽出・定量を行った。さらに、順天堂大学で摘出されたCNSGCT（奇形腫）の新鮮手術検体1例に対して初代培養を行った。

順天堂大学で保管している胚細胞腫コンソーシアムまたはJCCG中央診断の余剰検体から、非ジャーミノーマ胚細胞腫を中心に中枢神経系胚細胞腫 27例の凍結手術検体とマッチした血液DNAに対し、PromethIONを用いたロングリードシークエンスを研究分担者である東京大学大学院新領域創成科学研究科鈴木穣教授の研究室で行った。一部は先進ゲノム支援の支援のもとに行われた。腫瘍と血液DNA合わせて54検体については、DIN値の平均は7.9と比較的DNAのインテグリティは保たれていた。解析が完了した16検体については、全リード塩基数は平均106Gb、N50は平均9.7kbだった。Read depthは平均36だった。これらについては先行研究においてショートリードの全ゲノム解析とRNAシークエンスが行われており、ロングリード解析データとの比較を進めている。また、日本人健常対象集団と比較して有意な頻度差を示す多型を検索し、中枢神経系胚細胞腫の遺伝要因を同定する目的で、アジア人に多い塩基多型を集めたマイクロアレイ（Infinium Asian Screening Array）を用いてゲノムワイド関連解析を行うため、胚細胞腫コンソーシアムまたはJCCG中央診断の余剰検体として保管されている400例あまりの中枢神経系胚細胞腫からDNAの抽出・定量を行った。さらに、順天堂大学で摘出されたCNSGCT（奇形腫）の新鮮手術検体1例に対して初代培養を行った。