Establishment of a novel test method for HTLV-1 clonality that captures the onset of ATL

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ヒトT 細胞白血病ウイルス1型（HTLV-1）感染者の約5%が成人T 細胞白血病・リンパ腫（ATL）を発症するが、その機序は不明である。申請者らは、HTLV-1のヒトゲノムへの組込み部位を簡便に検出し、クロナリティも評価できる検査の原型（RAISE法）を開発した。これによりATL発症機序の解明に近づいた一方で、クロナリティを定量的に評価できるcut off index (COI)に該当する基準がないことが制約であった。本研究の目的は「クロナリティを定量的に評価できる検査」と「組込み部位解析とHTLV-1遺伝子変異解析によるクローンのリスク評価」の2つを包括した検査系を実用化することである。まずRAISE法に関しては感度と簡便性を高めたRAISING法へと改良を重ねている。RAISE法ではクロナリティ判定に定量性を持たせることが困難であったことから、サンガーシークエンス法から塩基編集効率を測定するプログラム「EditR」（CRISPR J 2018;1(3):239-250.）に着目し、これをベースとした解析ソフトウエアの開発に取り組んだ。シークエンスデータのメインクローンのスペクトル値の割合（クロナリティバリュー）を算出すると、その値はATL症例では0.5-1.0の領域に収束しキャリアにおいては0.1前後の領域に収束する傾向であり、COIが設定可能であった（Commun Biol. 2022 Jun 2;5(1):535.）。一方で他の検体群においてはCOIによって必ずしも高感度・特異度が得られない場合もあり、精度を高める方法の模索を開始している。また、可能な限り長期間の経時的な評価をおこなうことも重要な目的であり、継続中である。さらに、HTLV-1遺伝子解析と組込み部位解析に関しては、クローン毎の評価を開始しており、データを集積中である。