Research for Risk Stratification of cerebral hemorrhage

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脳出血は、アジア集団に多く遺伝的要因が寄与していることが推測されるが、未解明な点が多い。脳出血のゲノムワイド関連解析(GWAS) の研究は世界中に見ても報告例が少なく、日本人集団での報告はない。本研究は、日本人集団を用いて GWASを実施し、脳出血の関連遺伝子を明らかにすることを目的とする。本年度は、国立循環器病研究センターバイオバンクに登録された脳出血症例から 250 症例を抽出し、ゲノム解析を実施した。250症例に対し、DNA 濃度などの品質チェックを行った。その後、イルミナ社の SNP Array チップ、Asian Screening Array(ASA) を用いて網羅的ゲノム解析を行い、一塩基多型情報を取得した。得られた SNP Array 情報の生データをまとめてクラスタリングした Genotype Call をすることで、チップ間のバイアスが少ない個々人の一塩基多型情報のデータセットを作成した。得られた一塩基多型情報に対し、品質管理を行い、性別はゲノム情報と臨床情報で一致することを確認した。一塩基多型を用いた主成分分析(PCA)により、日本人集団の症例を確認した。新規の脳出血症例を収集するとともに、ゲノム解析を実施した 250 症例に対し確度の高い臨床情報のデータベース化を行った。Imputation は ASA に搭載されていない一塩基多型を推定する方法である。 1000 Genomes Project の公開配列を参照配列とした Imputation の解析プロトコルを構築し、ゲノムワイド関連解析のための準備を進めた。