タンデムリピートの進化的安定性から予測するタンパク質の折りたたみの基本単位

从串联重复的进化稳定性预测蛋白质折叠的基本单位

• 批准号: 08272237
• 负责人: 川崎 博史
• 金额: $ 0.83万
• 依托单位: Tokyo Metropolitan Organization for Medical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1996
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1996 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-08272237/
• 关键词: タンデムリピート; 進化; 構造予測

タンパク質のアミノ酸配列中に、一個から十数個の長さの配列が規則正しく繰り返している所がある。これをタンデムリピートと呼ぶことにする。繰り返し配列はランダムな突然変異に対して不安定であるので、何らかの安定化の機構、もしくは変異に対して強い淘汰圧があると考えられる。同一のDNAの配列が繰り返す例もあるので、何らかの機構で、タンデムリピートの単位のduplicationと消失がたえず起こっているものと考えられる。タンデムリピートのこの生成と消失が起こらなくなった場合、規則的な高次構造は保存されても、アミノ酸配列の規則的な繰り返しは消失してゆくであろう。このようなものは、もはやアミノ酸配列上からは、タンデムリピートとはみなされず、その高次構造からのみ規則的ならせん構造を含む折りたたみのパターンとして見い出されることになろう。このようなタンデムリピートから由来したと考えられるモチ-プがいつくか報告されている。アミノ酸配列上の繰り返しが、比較的保存されている左巻きのparallel β-helixの解析を行った。これは、hexapeptide repeatもしくはisoleucine patchと呼ばれている配列モチーフである。その名のとおり、isoleucine,valineを含む6残基の配列の繰り返しから成る。立体構造が、明らかにされたUDP-N-acetylglucoamine acetyltransferaseのアミノ酸配列の比較を、hexapeptide repeatを単位として行った。その結果、4つのhexapeptide repeatからなる24残基の配列が、始源となった配列で、これを単位として重複が起こった可能性が示された。現在、この配列モチ-プを含むすべてのタンパク質の配列を比較して、これを確認するとともに、始源配列、もしくは理想化されたリピート単位の決定を行っているところである。この配列とparallel βhelixの立体構造をもとに、なぜ、左巻きのらせん構造をとるのか、右巻きのらせん構造は、この配列では不安定なのかを、モデリングを通じて、解析を試みている。

The quality of the acid is in the middle of the array, and the length of the array is in the middle. This is the first time I've ever seen you. The structure of the system is different from that of the system. The same DNA sequence is repeated, the same DNA sequence is repeated, and the same DNA sequence is repeated. In the case of regular higher-order structures, the occurrence and disappearance of the elements of the system are preserved, and the occurrence and disappearance of the elements of the system are eliminated. The structure of the structure is composed of two parts: one part is composed of two parts, the other part is composed of two parts. This is the first time I've ever been to a hotel. The analysis of the parallel β-helix in the sequence of the acid pairs was carried out. The hexapeptide repeat is not isoleucine patch The name of the compound is, isoleucine,valine, which contains 6 residues. Comparison of the acid alignment of UDP-N-acetylglucoamine acetyltransferase and hexapeptide repeat The results show that 4 hexapeptide repeats are aligned with 24 residues, the origin is aligned with 24 residues, and the occurrence of 24 residues is possible. Now, the arrangement of the two sides includes the comparison of the arrangement of the two sides, the confirmation of the arrangement of the two sides, the idealization of the arrangement of the two sides, and the determination of the arrangement of the two sides. The three-dimensional structure of the parallel βhelix is divided into two parts: the left part is divided into two parts: the right part is divided into two parts: the right part is divided into two parts: the left part is divided into two parts: the right part is divided into three parts: the right part is divided into two parts: the right part is divided into three parts: the right part is divided into two parts: the right part is divided into three parts: the right part is divided into four parts: the right part is divided into three parts: the right part is divided into four parts

项目成果

Hiroshi Kawasaki: "The crystal structure of annexin VI indicates relative rotation of the two lobes upon membrane binding" Biochimica et Biophysica Acta. 1313. 277-282 (1996)

Hiroshi Kawasaki：“膜联蛋白 VI 的晶体结构表明膜结合时两个叶的相对旋转”《生物化学与生物物理学学报》。

Hiroshi Kawasaki: "Regulation of the calpain-calpastatin system by membranes" Melecular Membrane Biology. 13. 217-224 (1996)

Hiroshi Kawasaki：“膜对钙蛋白酶-钙蛋白酶抑制素系统的调节”分子膜生物学。