相関遺伝子クラスタの抽出に向けた複数グラフの比較手法の開発

开发比较多个图以提取相关基因簇的方法

• 批准号: 14015216
• 负责人: 中谷 明弘
• 金额: $ 2.62万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14015216/
• 关键词: 遺伝子クラスタ

遺伝子やタンパク質が構成する複数のネットワークの比較を行うツールを開発した。開発の動機は複数のY2H(Yeast Two Hybrid)実験で得られた相互作用のデータの再現性が低いように見えることである。しかしながら、実験毎に、相互作用を起こしたタンパク質の集合の重なりが、相互作用の集合の重なりよりも大きくなっていることがあることに注目した。これは、同一タンパク質間が異なる相互作用パスでつながっている可能性があることを示唆しているものである。本研究で開発・実装した手法は、階層型クラスタリングに基づいてネットワークの比較をすることによって、このようなタンパク質の例を網羅的に探し出すことを行う(処理の一部は並列実行可能)。得られた結果は、タンパク質間の相互作用マップとして描画(EPS形式)することが可能である。例として、公開されている2つのY2H実験の結果を実際に比較した結果、両実験で共通して直接相互作用しているタンパク質のペアの他に、複数のタンパク質を介在として間接的に相互作用しているタンパク質群の例が多数見出された。本手法は、2つのタンパクの1対1の関係について注目したものに加えて、タンパク群の多対多の関係にも注目して一般化していることが特徴の1つである。上記の2つのY2H実験に関してパラメータ(介在タンパク質の数の上限)を変えて処理した結果をデータベース化し、タンパク質の相互作用マップと併せて表示できるようにしたシステムをウェブ上に公開して参照できるようにした。

Posthumous son 伝 や タ ン パ ク qualitative が constitute す る plural の ネ ッ ト ワ ー ク の is line を う ツ ー ル を open 発 し た. Open 発 の motivation は plural の Y2H (Yeast Two Hybrid) be 験 で have ら れ た interaction の デ ー タ の low reproducibility が い よ う に see え る こ と で あ る. し か し な が ら, be 験 their に, interaction を こ し た タ ン パ ク qualitative の collection の heavy な り が, interaction set の の な り よ り も big き く な っ て い る こ と が あ る こ と に attention し た. こ れ は, same タ ン パ ク qualitative が between different な る interaction パ ス で つ な が っ て い る possibility が あ る こ と を in stopping し て い る も の で あ る. This research で open 発 · be loaded し た gimmick は type, class ク ラ ス タ リ ン グ に base づ い て ネ ッ ト ワ ー ク の is を す る こ と に よ っ て, こ の よ う な タ ン パ ク qualitative の example を snare に agent し out す こ と を line う (処 の a transposition は tied for line be possible). The られた results られた, タ パ パ パ interstitial <s:1> interaction ップと ップと て mapping (EPS form)する する とが とが may である. Example と し て, publicly さ れ て い る 2 つ の Y2H be 験 を の results be interstate に compare し た results, struck be 験 で common し て direct interaction し て い る タ ン パ ク qualitative の ペ ア の he に, plural の タ ン パ ク qualitative を interface in と し て indirect に interaction し て い る タ ン パ ク mass group の example が most see the さ れ た. This technique は, 2 つ の タ ン パ ク の polices 1 の masato is に つ い て attention し た も の に plus え て, タ ン パ ク group の more polices の masato is に も attention し て generalization し て い る こ と が, 徴 の 1 つ で あ る. Written の 2 つ の Y2H be 験 に masato し て パ ラ メ ー タ (interface in タ ン パ ク mass maximum number の の) を - え て 処 Richard し た results を デ ー タ ベ ー ス し, タ ン パ ク qualitative の interaction マ ッ プ と and せ て said で き る よ う に し た シ ス テ ム を ウ ェ ブ に on public し て reference で き る よ う に し た.

项目成果

中谷 明弘: "ゲノム・トランスクリプトーム・インタラクトームからの統合パスウェイ解析"実験医学. 20・13. 1854-1860 (2002)

Akihiro Nakatani：“基因组、转录组和相互作用组的整合途径分析”实验医学20・13（2002）。

Akihiro Nakaya: "Indirect Relations in Yeast Protein Interactome"Genome Informatics. 13. 328-329 (2002)

Akihiro Nakaya：“酵母蛋白相互作用组中的间接关系”基因组信息学。