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微生物ゲノムを対象とした機能アノテーション全自動化システムの開発

微生物基因组全自动功能注释系统的开发

基本信息

批准号：
17018037
负责人：
西川建
金额：
$ 2.88万
依托单位：
National Institute of Genetics
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

ゲノム中のすべての遺伝子/タンパク質を対象とした機能アノテーションは比較ゲノムの基礎として重要である。我々はまず転写因子に対象を絞り、与えられたゲノム情報から全ての転写因子を自動的に選別しうる判定法の開発に取り組んだ。最初に実験的に確かめられた転写因子をSwiss-Protデータベースからすべて収集して、転写因子の最小データセットを作成した。転写因子ではDNA結合ドメイン(DBD)がとくに重要であるため、単独のDBDからなる転写因子や、DBDと他のドメインの組み合せからなるものなど、最小セットの転写因子をすべてパターン化して整理し、判別ルールを作成した。判別ルールは転写因子のファミリーごとに設定する必要があり、その作成には手間がかかるが、一度出来あがると全行程は自動的に処理できる。この自動判別システムを原核生物154種のゲノム配列データに適用して、総数で18,000以上の転写因子を同定した。これらの転写因子は、主要なファミリーと多数のマイナーなファミリーからなる総計52種類のファミリーに分類することができた。真正細菌と古細菌を比較すると、20種類の主要な転写因子ファミリーのうち、半数の10種類は古細菌と真正細菌の両方に共通して存在するが、あとの半数は真正細菌にしか存在しないことが判明した。すなわち、古細菌の転写因子レパートリは真正細菌のそれにほぼ完全に含まれるかたちの包含関係にあり、古細菌の転写因子は相対的に未発達だといえる。以上の結果を論文発表した。また同様の解析を真核生物に拡張するために、ヒト転写因子の組織的な解析を行いつつある。

In order to improve the quality of the products, we should improve the quality of the products. We have to select the appropriate decision method for automatic selection of all write factors from the list of write factors. The initial result is the Swiss-Prot factor, which is the smallest factor in the set. The DNA binding factor (DBD) is important, unique, and unique. The DBD is important, unique, and unique. The DBD is important, and the DBD is important, unique, and unique. To determine whether the writing factor is correct, set it to be correct, and make it correct, set it to be correct, set it to be correct, and set it to be correct. The automatic identification of 154 species of prokaryotes is applicable, and the total number of writing factors is more than 18,000 The main reason for this is that there are 52 categories of people. A comparison between true bacteria and archaea shows that 20 species of archaea share the same factors, and half of the 10 species of archaea share the same factors. The archaea writing factors are completely contained in the true bacteria, and the archaea writing factors are not contained in the true bacteria. The above results are presented in this paper. The analysis of eukaryotes and the organization of eukaryotes