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Computational design of novel proteins with weak interactions

具有弱相互作用的新型蛋白质的计算设计

基本信息

批准号：
16K18526
负责人：
Kasahara Kota
金额：
$ 2.33万
依托单位：
Ritsumeikan University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2016
资助国家：
日本
起止时间：
2016-04-01 至 2019-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16K18526/
关键词：
たんぱく質デザイン分子動力学法シミュレーション蛍光相関法構造バイオインフォマティクス拡張アンサンブル統計力学ペプチドデザイン分子間相互作用分子認識分子シミュレーション蛋白質間相互作用生物物理蛋白質計算物理生体分子

项目摘要

项目成果

期刊论文数量（65）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

たんぱく質-低分子リガンド分子間相互作用の大規模データベース解析

蛋白质-小分子配体分子间相互作用的大规模数据库分析

DOI：
发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
0
作者：
Ryohei Kondo;Kota Kasahara;Takuya Takahashi;笠原浩太;笠原浩太;笠原浩太
通讯作者：
笠原浩太

分子シミュレーションによる転写因子機能制御メカニズムの解明：天然変性、翻訳後修飾、協調的結合

通过分子模拟阐明转录因子功能的调控机制：自然变性、翻译后修饰、协同结合

DOI：
发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
0
作者：
Shinji Iida;Kota Kasahara;Haruki Nakamura;Junichi Higo;笠原浩太
通讯作者：
笠原浩太

Multicanonical molecular dynamics study of transcription factor-DNA binding regulation via the intrinsically disordered region / マルチカノニカル分子動力学法を用いた転写因子天然変性領域によるDNA結合制御メカニズムの検討

通过本质无序区域转录因子-DNA 结合调节的多规范分子动力学研究

DOI：
发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kota Kasahara; Masaaki Shiina;Junichi Higo;Kazuhiro Ogata;Takuya Takahashi;Haruki Nakamura
通讯作者：
Haruki Nakamura

Statistical analysis of correlation between amino acid sequence and protein function based on using Protein Data Bank

基于蛋白质数据库的氨基酸序列与蛋白质功能相关性统计分析

DOI：
发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
0
作者：
Ryohei Kondo;Kota Kasahara;Takuya Takahashi
通讯作者：
Takuya Takahashi

Virtual system coupled canonical molecular dynamics simulation to enhance sampling along a reaction coordinate

虚拟系统耦合规范分子动力学模拟，以增强沿反应坐标的采样

DOI：
发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
0
作者：
Bhaskar Dasgupta;Kota Kasahara;Haruki Nakamura;Junichi Higo
通讯作者：
Junichi Higo

DOI：
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作者：
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作者：
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作者：
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Kasahara Kota其他文献

ARSによる周期推定の高解像度化に関する検討

利用ARS提高周期估计分辨率的研究

DOI：
发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
0
作者：
Higo Junichi;Kusaka Ayumi;Kasahara Kota;Kamiya Narutoshi;Hayato Itaya;Qilin Xie;Takahashi Takuya;Fukuda Ikuo;Mori Kentaro;Hata Yutaka;Fukunishi Yoshifumi;安江　汰騎，神谷幸宏
通讯作者：
安江　汰騎，神谷幸宏

3D－RISM理論を応用した溶液中におけるペプチドの構造揺らぎの解析

利用 3D-RISM 理论分析溶液中肽的结构波动

DOI：
发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
0
作者：
Sugita Masatake;Hamano Masataka;Kasahara Kota;Kikuchi Takeshi;Hirata Fumio;杉田昌岳
通讯作者：
杉田昌岳

Development of a simple and accurate non-Ewald method for calculating electrostatic interactions in molecular simulations

开发一种简单而准确的非埃瓦尔德方法来计算分子模拟中的静电相互作用

DOI：
发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kasahara Kota;Higo Junichi;Shiina Masaaki;Fukuda Ikuo;Ogata Kazuhiro;Nakamura Haruki;Ikuo Fukuda
通讯作者：
Ikuo Fukuda

Extra-Disordered State of p53 C-terminal Domain

p53 C 端结构域的超无序状态

DOI：
发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
0
作者：
Iida Shinji;Kawabata Takeshi;Kasahara Kota;Nakamura Haruki;Higo Junichi;Shinji IIDA
通讯作者：
Shinji IIDA

Artificial Metalloenzymes Bearing a Cupin Fold

具有杯形折叠的人造金属酶

DOI：
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
0
作者：
Ukawa Tomomi;Banno Fumihiko;Ishikawa Toshiki;Kasahara Kota;Nishina Yuuta;Inoue Rika;Tsujii Keigo;Yamaguchi Masatoshi;Takahashi Takuya;Fukao Yoichiro;Kawai-Yamada Maki;Nagano Minoru;増田曜子・伊藤英臣・白鳥豊・妹尾啓史;Nobutaka Fujieda
通讯作者：
Nobutaka Fujieda