Quantitative Immunology of T cell homeostasis

T 细胞稳态的定量免疫学

• 批准号: 17KT0014
• 负责人: 小林 徹也
• 金额: $ 11.98万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2017
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2017-07-18 至 2020-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17KT0014/
• 关键词: T細胞; 多様性; 恒常性; 胸腺; 胸腺上皮細胞; 数理モデル; T細胞受容体レパトア; シーケンス解析; 微分方程式モデル; 免疫学; バイオインフォマティクス

マウス胸腺のT前駆細胞および胸腺上皮細胞のダイナミクスのモデルにおいて、前年度に実験取得したDN細胞部分群をモデルに取り込んだ詳細モデルを作成。そのデータとモデルに対してもパラメータ推定を行い、DN部分群を粗視化した前年度までのモデルとの整合性を確認した。同時に、DN細胞の前駆細胞の流入速度に関して新たなモデルでは、流入量がこれまでの推定よりも少ないことが見いだされた。これは既知の実験事実とも整合し、また粗視化モデルのbootstrap解析でも推定パラメータに二峰性が見られたことから整合することがわかった。更にbootstrap解析における不完全な収束も同定し、より適切なパラメータ推定分布を与えた。並行して、T細胞受容体の次世代シーケンスデータの解析を進めた。この解析から、特定のT細胞受容体配列を持つ細胞群が非常にゆっくりと胸腺へのX線摂動後回復することを見出した。一方でそれ以外の細胞については、摂動後7日程度で多様性指標(レニー多様性)が回復すること、また定常状態ではDPとSPの細胞に多様性指標に差が殆どないことが見いだされた。そして、PCAなどを用いた解析により、多様性指標では確認できなかった、摂動からの回復に伴う複雑なレパトアの変化やDPとSP細胞のレパトアの差異などを見出すことができた。今後この差異がなぜ生じるのか、またなぜ多様性指標はここまで普遍的に一定に保たれるのか、などについて研究をすすめることを予定している。

The T cells and thymic epithelial cells of the thymus were collected in the previous year. The first part of the first part of the second part of the second part of the third part of the fourth part of the fourth part of the fourth At the same time, the inflow rate of DN cells and precursor cells is related to the new and estimated inflow rate. This is the first time that we've seen the difference between the two, and we've seen the difference between the two. Bootstrap analysis is not complete, and the estimated distribution is appropriate. In parallel, the next generation of T cell receptors is analyzed. This analysis shows that specific T cell receptor alignment and cell population are very important for thymic X-ray recovery. The difference between DP and SP in the diversity index of cells in a steady state is almost equal to the difference between DP and SP in diversity index of cells in a steady state. For example, PCA can be used to analyze the difference between DP and SP cells. In the future, the diversity index will be universal, and the research will be predetermined.

项目成果

Theoretical analysis of thymic T cell development dynamics via interaction with thymic epithelial cells

通过与胸腺上皮细胞相互作用对胸腺 T 细胞发育动力学进行理论分析

• 发表时间: 2017
• 作者: Kazumasa Kaneko;Ryo Yokota;Taishin Akiyama;Tetsuya J. Kobayashi
• 通讯作者: Tetsuya J. Kobayashi

Theoretical analysis of thymic T cell development via interaction with thymic epithelial cells

通过与胸腺上皮细胞相互作用进行胸腺T细胞发育的理论分析

• 发表时间: 2017
• 作者: Kazumasa Kaneko;Ryo Yokota;Taishin Akiyama;Tetsuya J. Kobayashi
• 通讯作者: Tetsuya J. Kobayashi

胸腺T細胞分化の数理モデリング

胸腺 T 细胞分化的数学模型

• 发表时间: 2017
• 作者: 金子和正;横田亮;秋山泰身;小林徹也
• 通讯作者: 小林徹也

Interface between Immunology & Quantitative Biology

免疫学之间的接口

• 发表时间: 2019

細胞内シグナリングネットワークにおける応答時間を一定に保つメカニズム

维持细胞内信号网络恒定响应时间的机制

• 发表时间: 2019
• 作者: Nakamura Masaaki;Chang Hsiu-Pu;Lin King-Chuen;Kasai Toshio;Che Dock-Chil;Palazzetti Federico;Aquilanti Vincenzo;金子 和正
• 通讯作者: 金子 和正