Wastewater-based genomic epidemiology on international comparison and transportation of SARS-CoV-2 variants and antimicrobial resistance

基于废水的基因组流行病学，关于 SARS-CoV-2 变体和抗菌素耐药性的国际比较和传播

• 批准号: 21KK0073
• 负责人: 本多 了
• 金额: $ 12.23万
• 依托单位: Kanazawa University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-10-07 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21KK0073/
• 关键词: 新型コロナウイルス; 薬剤耐性; 下水疫学

タイ・バンコクの下水処理場３箇所において採水を開始したが，下水の濁度が小さいことが判明したため，採水容量を大幅に増やして前処理方法の再検討を行い，10月より改良した前処理法による採水を開始した。タイ・バンコクの河川およびカナルサンプルにおいて16S rRNA遺伝子に基づく系統解析を実施した。インドにおいては，ガンディナガール州とグワハティ州の２箇所の下水処理場で毎週採水を行い，新型コロナウイルスの濃度測定を継続し，現地にて鉄共沈法によるウイルス濃縮などの前処理を実施したサンプルを冷凍保存している。しかし，薬剤耐性とウイルス変異株解析用の前処理が指定された手法で行われていなかったため，前処理法について再指導を行い4月から改めて採水を開始した。また，3月に採水を行っている下水処理場の視察を行い，流入下水と汚泥試料を採取した。また，現地にて採取した試料の分析・配列解析等の委託を行うGujarat Biotechnology Research Centerを訪問し，解析手法等について打ち合わせと確認を行った。スリランカについては，現地の治安状況が安定であったことから採水開始を延期していたが，治安状況が回復したため令和5年度開始に合わせて採水を開始することとなった。新型コロナウイルスの変異株解析手法については，配列解析前に十分なウイルスRNAコピー数の確保が必要なことが前年度の結果で明らかになったため，より大容量の下水からウルスRNAの濃縮と抽出を行う方法を比較検討した。３種類の不活化SARS-CoV-2変異株を等量で添加した下水を用いた試験を行い，変異株割合を正確に得るために必要な下水容量と最適な抽出キットを明らかにした。また，浴槽水，下水，都市環境を対象にした16S rRNAアンプリコンとショットガンシークエンシングから得られたメタゲノム配列群に対する細菌叢比較や検体に特異的に存在するメタゲノム配列群の検出手法の開発を行った．

The water supply system of the water management site 3 has started to operate, and the temperature of the water has been determined by the low temperature of the water. The water capacity has been greatly improved before the operation method has been used, and in October, the water management method has been improved. In order to analyze the basic system of the 16s rRNA system, we need to improve the quality of the system. In the first place, the water quality of the water was measured in the first place in State 2, and the temperature of the water was measured in the first place. In the first place, the temperature of the water was measured in the first place in the first place. The method of pre-treatment is used to specify the method of treatment, and the method of pre-treatment is used to instruct the doctor to change the water supply in April. In March, the water will flow into the water, and the mud will flow into the water. Data acquisition, data analysis, Gujarat Biotechnology Research Center analysis, parsing, etc., and parsing techniques, etc., are required to confirm the line. The public security situation is stable, the public security situation is stable, the opening of the water supply is postponed, the order of the public security situation and the beginning of the year 5 are in accordance with the public security situation. The new method of plant analysis is accurate, and the method of RNA analysis is better than that of the previous year. The results of the previous year show that the method of extraction is better than the method of extraction. 3. In the same amount of non-activated SARS-CoV-2 strains, the same amount of waste water is added to the sewerage system, and the cut-off of the strain is correct to obtain the most effective discharge capacity. The urban environment is similar to that in the 16s rRNA environment, which is similar to that in the urban environment. The number of bacteria is higher than that of bacteria in the body.

项目成果

Kasetsart University/Chulaborn Research Institute/Mahidol University(タイ)

农业大学/朱拉伯恩研究所/玛希隆大学（泰国）

浴槽水中のレジオネラ属菌とその微生物叢の多様性の関係

浴缸水中军团菌与其微生物区系多样性的关系

• 发表时间: 2023
• 作者: Sabar Muhammad Adnan;Honda Ryo;Haramoto Eiji;Kazuho Nakamura;Ryo Honda;奥長正基，久代健太，井畑綾乃，堀江怜平，近藤昭宏，阿部貴志
• 通讯作者: 奥長正基，久代健太，井畑綾乃，堀江怜平，近藤昭宏，阿部貴志

University of Petroleum & Energy Studies/Gujarat Biotechnology Research Center(インド)

石油与能源研究大学/古吉拉特邦生物技术研究中心（印度）

Universitas Negeri Makassar(インドネシア)

望加锡大学（印度尼西亚）

Ruhuna University(スリランカ)

鲁胡纳大学（斯里兰卡）