機能的四倍体であるアムールチョウザメの分子遺伝マーカー開発

功能性四倍体鲟鱼分子遗传标记的开发

• 批准号: 26450256
• 负责人: 東 典子
• 金额: $ 3.24万
• 依托单位: Hokkaido University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2014
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2014-04-01 至 2017-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26450256/
• 关键词: アムールチョウザメ; 分子遺伝マーカー; STR; 遺伝的多様性; 系統解析; 水産養殖の遺伝的管理; マイクロサテライトマーカー; 倍数性

次世代シーケンスシステムによって、飼育下のアムールチョウザメ１個体のゲノムの網羅的解析を行い、Short tandem repeat（STR) 領域を含む約400bpの配列を数万配列抽出、整理し、その中で変異が出そうでかつジェノタイピング可能と思われる300配列について、PCRプライマーを設計し、その中から２段階の選抜を経て、国内に流通しているアムールチョウザメの親子判定・血縁判定などに有効とみられる28座を特定した。さらにこのマーカーの有効性を、飼育系統の３組の親子（計96個体）で確認し、最終的に最も有効で再現性の高いマーカーとして11座を選定した。マーカーのうち8座は3塩基モチーフ、3座は2塩基モチーフの繰り返し配列を含んでいた。3塩基モチーフのほうが遺伝子型判定がしやすいというメリットがあり、良質なマーカーを確立できたことになる。確立したマーカーによって、他の飼育系統魚のほか、北海道周辺に来遊した天然アムールチョウザメの遺伝子プロファイリングも試みた。これによって、マーカーの有効性が確立しただけでなく、天然魚の遺伝的多様性が飼育系統に比べてかなり高いことがわかった。また、ここで開発したマーカーだけでなく、ミトコンドリアDNAの部分配列・核DNAの部分配列、既報のSTRマーカーによる解析も試み、天然アムールチョウザメ・来遊個体数が多いダウリアチョウザメ・アムール＋ダウリア雑種を、形態によらず分子マーカーのみで判別する方法も開発した。この、天然アムールチョウザメの遺伝子プロファイリングについては、学会発表（日本水産学会平成28年度秋季大会）および国際誌での論文発表（Azuma et al. 2016, Ichthyological Research)を行った。

The next generation of STR systems is the analysis of the network of individuals, Short tandem repeat (STR) domain, which contains about 400bp of alignment, tens of thousands of alignment, extraction, sorting, and transformation. The number of cases in China is 28. 3 groups of parents (96 individuals) of the breeding system were confirmed, and the final 11 groups of parents were selected. 8-seat reverse 3-seat reverse 2-seat reverse 3-seat reverse 2-seat reverse 3-seat reverse 3-seat 3-seat reverse 3-seat 3-seat reverse 3-seat reverse 3-seat 3-seat reverse 3-seat 3-seat reverse 4-seat 3-seat reverse 3-seat 3-seat 3-seat 3. Based on the determination of the sub-type, the quality of the sub-type is determined. To establish a breeding system for fish and fish, Hokkaido peripheral tourism, and to establish a breeding system for fish and fish The diversity of natural fish heritages is higher than that of breeding systems. A method for determining the number of visitors to the site is developed, including partial alignment of DNA, partial alignment of nuclear DNA, analysis of reported STR patterns, and identification of species and morphology. This is the first time that the Japanese Fishery Society has published a paper on the issue of natural resources (Azuma et al. 2016, Ichthyological Research).

项目成果

Genetic characterization of Amur sturgeon Acipenser schrenckii and its hybrid caught around Hokkaido

• DOI: 10.1007/s10228-016-0544-5
• 发表时间: 2016
• 期刊: Ichthyological Research
• 影响因子: 1.2
• 作者: N. Azuma;S. Hagihara;Masaki Ichimura;Y. Takagi;K. Ura;S. Adachi

北海道に来遊したアムールチョウザメ野生魚の遺伝的特徴

来到北海道的鲟鱼野生鱼的遗传特征

• 发表时间: 2016
• 作者: 東 典子;萩原 聖士;都木 靖彰;浦 和寛;足立 伸次;市村 政樹
• 通讯作者: 市村 政樹